Hoppa till huvudinnehåll
Göteborgs universitet
Bild

Strukturbiologi

Svenskt NMR Centrum är en internationell, nationell och lokal forskningsinfrastruktur som erbjuder tillgång till instrumentering för NMR-baserad strukturbiologi av absoluta världsklass.

Vi erbjuder tillgång till specialistkompetens och NMR-spektrometrar för lösnings-NMR i spannet mellan 700 och 900 MHz. Våra spektrometrar är utrustade med världsledande detektorer för högsta möjliga känslighet. Data från SNC har bidragit till publikationer i ett brett spann av forskningsområden. Svenskt NMR Centrum utgörs av två noder, en i Göteborg och en i Umeå, och tillsammans är vi en facilitet inom SciLifeLab.

Inom strukturbiologi så kan till exempel följande forskningsfrågor adresseras


Struktur i lösning

Att bestämma strukturen för ett protein eller en domän av ett protein i lösning är en relativt enkel uppgift, givet att proteinet har en väldefinierad tredimensionell struktur. Partiellt veckade proteiner kan studeras med en kombination av klassisk strukturbestämningsmetodik och relaxationsmätningar för att få insikt i biologisk struktur och funktion.


Chemical Shift Perturbation (CSP)

CSP är en enkel metod att studera interaktionen mellan ett protein och andra molekyler i lösning. De interagerande molekylerna kan vara allt från små molekyler såsom läkemedel till större proteinkomplex såsom ex ett fotosystem.


Relaxation

Den fundamentala kärnan i proteiners funktion ligger ofta i deras dynamiska egenskaper. Interaktioner inuti celler, enzymers förmåga att katalysera reaktioner eller transport av ligander/joner kan alla bero på proteiners förmåga att anpassas strukturellt.


Backbone-tillordning

Både relaxationsmätningar och CSP-mätningar kräver att den centrala peptidryggradens ('backbone') atomkärnor är tillordnade. Det kräver i sin tur att proteinet är anrikat i 13C och 15N (och för större proteiner 2H) isotoper. Metoden för att tillordna backbone har optimerats till att också kunna följa tillordningsprocessen under tiden data samlas in och samtidigt kunna analysera data.


Fragment-baserad screening (FBS)

FBS är en metod där blandningar av småmolekyler i närvaro eller frånvaro av ett protein eller annan makromolekyl observeras för potentiella bindare till makromolekylen. Alla positiva träffar kan verifieras medelst en omvänd approach där proteinet observeras istället. Fördelen med det är att även detaljerad information om interaktionsytan fås från CSP, se ovan.


Cellfri proteinsyntes

För proteiner med specifika krav på märkning eller där det finns inneboende problematik med vanlig expression in vivo (ex. toxicitet) erbjuder vi tillgång till ett egenutvecklat cellfritt expressionssystem.

Krav på proteinprov för NMR är högst beroende av den aktuella forskningsfrågan. För strukturbestämning och relaxationsmätningar som kräver högsta möjliga koncentration så är en volym om ~150 µl av en proteinkoncentration på 500-800 µM tillräckligt (motsvarande ~1 mg av ett 10 kD protein). CSP kan utföras med så lite som 5% av mängden nämnd ovan (50 µg).

Tveka inte att kontakta SNCs personal för ytterligare information. När det gäller användaravgifter och ansökningsformulär för att få tillgång till infrastrukturen så hittas den information här.