Länkstig

Swedish Covid-19 Investigation for Future Insights – a Population Epidemiology Approach using Register Linkage (SCIFI-PEARL)

Forskningsprojekt
Pågående forskning
Projekttid
2020 - pågående
Projektägare
Fredrik Nyberg

Finansiär
ALF-avtalet, FORMAS, Hjärt-Lungfonden, SciLifeLab / Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, Vetenskapsrådet, Försäkringskassan

Kort beskrivning

SCIFI-PEARL är en rikstäckande, regelbundet uppdaterad, registerstudie med länkade registerdata från många källor, med syfte att ge skyndsamma svar på brådskande vetenskapliga frågor angående viruset SARS-Cov-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) och COVID-19 (Coronavirus disease 2019) pandemin.
SCIFI-PEARL-databasen registrerar kontinuerligt svenska invånare med covid-19, innehåller en representativ jämförande kohort för den allmänna befolkningen och länkar till ett brett utbud av nationella och regionala hälsodata för en övergripande longitudinell syn på covid-19-pandemin. Genom att kombinera högkvalitativa nationella register med en kort tidsfördröjning och kontinuerlig upprepad länkning och uppdatering, ger projektet aktuella och internationellt relevanta data för epidemiologisk forskning om SARS-CoV-2.

Bakgrund

I början av 2020 upptäcktes SARS-CoV-2 för första gången och orsakade den sjukdomen som nu går under namnet covid-19. Sjukdomen utvecklades mycket snabbt till en storskalig pandemi i Sverige och över hela världen. För att förstå och bekämpa pandemin behövs mer vetenskapligt välgrundad information om patienterna, deras riskfaktorer och prognos, samt långtidseffekter efter sjukdomen.

För att besvara viktiga och brådskande pandemi-frågeställningar designade och initierade vi därför en rikstäckande, regelbundet uppdaterad, observationsstudie baserad på registerdata från många register. Projektet SCIFI-PEARL (Swedish Covid-19 Investigation for Future Insights – a Population Epidemiology Approach using Register Linkage) startades. Projektet söker besvarar många aktuella frågeställningar med registerdata, t ex:

  • Vilka karakteristika har covid-19-patienterna och hur skiljer de sig från en normalbefolkning?
  • Vilka underliggande sjukdomar eller behandlingar ökar patienternas risk för covid-19 eller ogynnsam prognos?
  • Vilka andra faktorer ökar eller modifierar risken?
  • Vilka aspekter av samsjuklighet, behandlingar eller sjukdomshistoria ökar risken för långsiktiga (1-2 år) konsekvenser av covid-19-infektion?
  • Kan vi utveckla prediktionsmodeller som hjälper till att förutsäga insjuknande eller allvarlig prognos?
  • Hur ser covid-19-vaccinernas effekt och eventuella biverkningar ut i befolkningen?
  • Hur har covid-19-pandemin och vaccinationsprogrammen påverkat läkemedelsanvändning och hälsovård hos individer och i samhället?

Hur fungerar registerforskning inom COVID-19?

Covid-19-patienter och hela Sveriges befolkning identifieras för olika statistiska analysmetoder med fall-kohortdesign och utformning av prediktionsmodeller. Via personnummer sammanlänkas data från hälsodatabaser, bl a:

Data från nationella och regionala hälsoregister:

  • Covid-19-testdata
  • vaccinationsdata
  • nationella patientregistret
  • 2 regionala hälsodatabaser
  • läkemedelsregistret
  • cancerregistret

Projektet omfattar även kvalitetsregister relevanta för covid-19, bland annat:

  • hjärtsjukdom
  • lungsjukdom
  • diabetes
  • akutvård
  • intensivvård
  • infektion

samt sociodemografiska data för studiepersonerna från SCB.

 

Databasen

Databasen uppdateras regelbundet (var 1-3:e månad), för att ge svar på aktuella forskningsfrågor. Deskriptiv statistik, regressionsmodellering och maskininlärningsmetoder används för dataanalys, med justering för störfaktorer. Resultat presenteras och publiceras fortlöpande baserat på uppdaterade grunddata.

Projektet kommer att öka kunskapen om covid-19-pandemin i Sverige, patienterna, deras riskfaktorpanorama, och olika sjukdomsutfall, för att stödja vårdprioritering och patientbehandling på kort och lång sikt.

 

Exempel på pågående forskning

Exempel på pågående forskning och analyser inom SCIFI-PEARL
Exempel på publicerade resultat inom SCIFI-PEARL

Projektdeltagare

Ailiana Santosa, Forskare

Brian Kirui, Doktorand

Chioma Nwaru, Postdoctor

Fredrik Nyberg, Projektledare och Professor i Registerepidemiologi

Huiqi Li, Statistiker / Forskare

Patricia Ernst, Projektkoordinator och biträdande Forskare

Maria Bygdell, Postdoctor 

Yiyi Xu, Forskare

Ailiana Santosa, Forskare

Björn Wettermark, Professor i läkemedelsepidemiologi vid Institutionen för farmaci / Uppsala Universitet

Fredrik Nyberg, Projektledare och Professor i Registerepidemiologi

Mohammadhossein Hajiebrahimi, Forskningsassistent vid Institutionen för farmaci / Uppsala Universitet

Patricia Ernst, Projektkoordinator och Biträdande Forskare

Ailiana Santosa, Forskare

Brian Kirui, Doktorand

Chioma Nwaru, Postdoktor

Fredrik Nyberg, Projektledare och Professor i Registerepidemiologi

Huiqi Li, Statistiker / Forskare

Johan Sundström, Professor vid Institutionen för medicinska vetenskaper/ Uppsala Universitet

Lowie Vanfleteren, Universitetslektor/specialistläkare

Magnus Gisslen, Professor/överläkare

Magnus Lindh, Professor/överläkare

Patricia Ernst, Projektkoordinator och Biträdande Forskare

 

Publikationer

  • Nyberg F, Franzén S, Lindh M, Vanfleteren L, Hammar N, Wettermark B, Sundström J, Santosa A, Björck S, Gisslén M. Swedish Covid-19 Investigation for Future Insights – A Population Epidemiology Approach Using Register Linkage (SCIFI-PEARL). Clin Epidemiol. 2021;13:649-659. https://doi.org/10.2147/CLEP.S312742
  • Nwaru C, Li H, Bonander C, Santosa A, Franzén S, Rosvall M, Nyberg F. Occupational variation in the risk of Covid-19 infection and hospitalization among foreign-born healthcare workers in Sweden: a registry-based study. European Journal of Public Health, Volume 32, Issue Supplement_3, October 2022, ckac130.175
  • Spetz M, Lundberg L, Nwaru C, Li H, Santosa A, Ng N, Leach S, Gisslén M, Hammar N, Nyberg F, Rosvall M. An intersectional analysis of sociodemographic disparities in Covid-19 vaccination: A nationwide register-based study in Sweden. Vaccine. 2022 Nov 2;40(46):6640-6648. doi: 10.1016/j.vaccine.2022.09.065. Epub 2022 Sep 28. PMID: 36210254; PMCID: PMC9515344.
  • Bygdell M, Leach S, Lundberg L, Gyll D, Martikainen J, Santosa A, Li H, Gisslén M, Nyberg F. A comprehensive characterization of patients diagnosed with post-COVID-19 condition in Sweden 16 months after the introduction of the ICD-10 diagnosis code (U09.9): a population-based cohort study.
  • Dahlén T, Li H, Nyberg F, Edgren G. A population-based, retrospective cohort study of the association between ABO blood group and risk of COVID-19. Journal of Internal Medicine. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/joim.13588
  • Xu Y, Li H, Kirui B, Santosa A, Gisslén M, Leach S, Wettermark B, Vanfleteren LEGW, Nyberg F. Effectiveness of COVID-19 Vaccines over 13 Months Covering the Period of the Emergence of the Omicron Variant in the Swedish Population. Vaccines. 2022; 10(12):2074. https://doi.org/10.3390/vaccines10122074.
  • Mousa SI, Nyberg F, Hajiebrahimi M, Bertilsson R, Nåtman J, Santosa A, Wettermark B. Initiation of antihypertensive drugs to patients with confirmed COVID-19-A population-based cohort study in Sweden. Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2022 Sep;131(3):196-204. doi: 10.1111/bcpt.13766. Epub 2022 Jul 6. PMID: 35726121; PMCID: PMC9349802.
  • Spetz M, Lundberg L, Nwaru C, Li H, Santosa A, Leach S, Gisslén M, Hammar N, Rosvall M, Nyberg F. The social patterning of Covid-19 vaccine uptake in older adults: A register-based cross-sectional study in Sweden. Lancet Reg Health Eur. 2022 Apr;15:100331. doi: 10.1016/j.lanepe.2022.100331. Epub 2022 Feb 26. PMID: 35252941; PMCID: PMC8881226.
  • Sundh J, Ekström M, Palm A, Ljunggren M, Emilsson ÖI, Grote L, Cajander S, Li H, Nyberg F. COVID-19 and Risk of Oxygen-Dependent Chronic Respiratory Failure: A National Cohort Study. Am J Respir Crit Care Med. 2022 Aug 15;206(4):506-509. doi: 10.1164/rccm.202202-0323LE. Erratum in: Am J Respir Crit Care Med. 2022 Nov 15;206(10):1300. PMID: 35549847.
  • Santosa A, Franzén S, Nåtman J, Wettermark B, Parmryd I, Nyberg F. Protective effects of statins on COVID-19 risk, severity and fatal outcome: a nationwide Swedish cohort study. Sci Rep. 2022 Jul 14;12(1):12047. doi: 10.1038/s41598-022-16357-2. PMID: 35835835; PMCID: PMC9282150.
  • Nyberg F, Lindh M, Vanfleteren L, Hammar N, Wettermark B, Sundström J, Santosa A, Kirui BK, Gisslén M. Adverse events of special interest for COVID-19 vaccines - background incidences vary by sex, age and time period and are affected by the pandemic. Preprint. medRxiv 2021.10.04.21263507; doi: https://doi.org/10.1101/2021.10.04.21263507
  • Nwaru CA, Santosa A, Franzén S, Nyberg F. Occupation and COVID-19 diagnosis, hospitalisation and ICU admission among foreign-born and Swedish-born employees: a register-based study. J Epidemiol Community Health. 2022 Jan 7;76(5):440–7. doi: 10.1136/jech-2021-218278. Epub ahead of print. PMID: 34996808; PMCID: PMC8761595.
  • Shedrawy J, Ernst P, Lönnroth K, Nyberg F. The burden of disease due to COVID-19 in Sweden 2020-21: a disability-adjusted life years (DALYs) study. Submitted.
  • Kirui B, Santosa A, Franzén S, Vanfleteren L, Stridsman C, Nyberg F. Characteristics and outcomes of COVID-19 patients with COPD in Sweden: A population-based register study. Submitted 
  • Dahlén T, Flygt H, Lübking A, Olsson-Strömberg U, Wennström L, Dreimane A, Myhr-Eriksson K, Själander A, Leach S, Gisslén M, Li H, Höglund M, Stenke L, Nyberg F. The impact of Covid-19 in patients with chronic myeloid leukemia – a nationwide population-based study. Submitted

Abstracts och muntliga presentationer inom SCIFI-PEARL-projektet:

2023

  • Bergthorsdottir R, Esposito D, Johannsson G, Ragnarsson O, Dahlqvist P, Bensing S, Nåtman J, Nyberg F. Hospitalisation, Intensive Care and Death due to COVID-19 in Swedish Patients with Adrenal Insufficiency. Abstract at the ENDO 2023 Conference. 15. – 18. June 2023. Chicago, USA.

2022

  • Nwaru C, Li H, Bonander C, Santosa A, Franzén S, Rosvall M, Nyberg F. Occupational variation in the risk of Covid-19 infection and hospitalization among foreign-born healthcare workers in Sweden: a registry-based study. Oral at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online.
  • Ernst P, Shedrawy J, Lönnroth K, Nyberg F. The burden of disease due to COVID-19 in Sweden: a disability-adjusted life years (DALY) study. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online. [Winner Best Poster Award]
  • Spetz M, Lundberg L, Nwaru C, Li H, Santosa A, Ng N, Leach S, Gisslén M, Hammar N, Nyberg F, Rosvall M. An intersectional analysis of sociodemographic disparities in Covid-19 vaccination: A nationwide register-based study in Sweden. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online. [Runner up Best Poster Award]
  • Xu Y, Li H, Kirui B, Santosa A, Gisslén M, Leach S, Wettermark B, Vanfleteren L, Nyberg F. Effectiveness of Covid-19 vaccines over 13 months covering the period of the emergence of the Omicron variant in the Swedish population. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online.
  • Sundh J, Ekström M, Palm A, Ljunggren M, Emilsson Ö, Grote L, Cajander S, Li H, Nyberg F. Covid-19 and risk of oxygen-dependent chronic respiratory failure – a national cohort study within the SCIFI-PEALR project. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online.
  • Bygdell M, Leach S, Lundberg L, Gyll D, Martikainen J, Santosa A, Li H, Gisslén M, Nyberg F. A comprehensive characterization of patients diagnosed with post-covid-19 condition: a population-based study from SCIFI-PEARL. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online.
  • Nyberg F, Dahlén T, Li H, Edgren G. A population-based, retrospective cohort study of the association between ABO blood group and risk of Covid-19. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference 2022. 16. – 17. November 2022. Online.
  • Shedrawy J, Ernst P, Lönnroth K, Nyberg F. The burden of disease due to COVID-19 in Sweden: a disability-adjusted life years (DALY) study. Poster at the 15th European Public Health Conference 2022. 09. – 12. November 2022. Berlin. [Presented by Ernst P]
  • Nwaru C, Li H, Bonander C, Santosa A, Franzén S, Rosvall M, Nyberg F. Occupational role and Covid-19 among foreign-born healthcare workers: a registry-based study. Poster at the 15th European Public Health Conference 2022. 09. – 12. November 2022. Berlin. 
  • Labor M, Nyberg F, Kirui B, Vanfleteren L. Impact of treatment with inhaled corticosteroids on COVID-19 risk and outcome – a potential protective effect on severity of disease survival.  Abstract presentation at the European Respiratory Society (ERS) International Congress. 04. – 06. September 2022. Barcelona. [Presented by Labor M]
  • Mousa SI, Nyberg F, Hajiebrahimi M, Bertilsson R, Nåtman J, Santosa A, Wettermark B. Initiation of antihypertensive drugs to patients with confirmed COVID-19-A population-based cohort study in Sweden. Poster at the 38th International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management (ICPE). 24. – 28. August 2022. Copenhagen. [Presented by Hajiebrahimi M]
  • Shiahn H, Wettermark B, Nyberg F, Hajiebrahimi M. Drug utilization and characteristics of COVID-19 positive pre-and postmenopausal women diagnosed with breast cancer – A cross-sectional SCIIF-PEARL study. Poster at the 38th International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management (ICPE). 24. – 28. August 2022. Copenhagen. [Presented by Hajiebrahimi M]
  • Spetz M, Lundberg L, Nwaru C, Li H, Santosa A, Leach S, Gisslén M, Hammar N, Rosvall M, Nyberg F. The social patterning of Covid-19 vaccine uptake in older adults: a register-based cross-sectional study in Sweden. Poster at the 38th International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management (ICPE). 24. – 28. August 2022. Copenhagen. [Presented by Nyberg F] 
  • Kirui B, Labor M, Nyberg F, Vanfleteren L. Inhaled corticosteroids and COVID-19 risk and outcomes – Findings from a population-based cohort within the SCIFI-PEARL project.  Abstract presentation at the 38th International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management (ICPE). 24. – 28. August 2022. Copenhagen.
  • Kirui B, Santosa A, Vanfleteren L, Stridsman C, Nyberg F. Characteristics of asthma patients with COVID-19 by disease severity and across age groups – a Swedish population-based analysis within the SCIFI-PEARL project. Poster at the 38th International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management (ICPE). 24. – 28. August 2022. Copenhagen.
  • Xu Y, Li H, Kirui B, Santosa B, Gisslén B, Leach S, Wettermark B, Vanfleteren L, Nyberg F. Long-lasting Vaccine effect before Omicron and progressively waning after Omicron -  a Swedish study  over 13 Months. Abstract presentation at the Nordic Conference of Epidemiology and Register-Based Health Research (NordicEPI). 18. – 19. August 2022. Reykjavik. [Presented by Li H]
  • Bygdell M, Leach S, Lundberg L, Gyll D, Martikainen J, Santosa A, Li H, Gisslén M, Nyberg F. A comprehensive characterization of the patient population diagnosed with post-COVID-19 condition in Sweden one year after the introduction of the ICD-10 diagnosis code U09.9 - a study within the SCIFI-PEARL project. Abstract presentation at the Nordic Conference of Epidemiology and Register-Based Health Research (NordicEPI). 18. – 19. August 2022. Reykjavik. [Presented by Nyberg F]
  • Sundh J, Ekström M, Palm A, Ljunggren M, Emilsson Ö, Grote L, Cajander S, Li H, Nyberg F. COVID-19 and risk of oxygen-dependent chronic respiratory failure – a national cohort study. Abstract presentation at the Nordic Conference of Epidemiology and Register-Based Health Research (NordicEPI). 18. – 19. August 2022. Reykjavik. [Presented by Nyberg F]
  • Kirui B, Santosa A, Vanfleteren L, Franzén S, Stridsman C, Nyberg F. Characteristics and risk factors for COVID-19 outcomes in a Swedish population-based cohort of COPD patients from the SCIFI-PEARL project. Abstract presentation at the Nordic Conference of Epidemiology and Register-Based Health Research (NordicEPI). 18. – 19. August 2022. Reykjavik.
  • Santosa A, Oras J, Li H, Nwaru C, Kirui B, Nyberg F. Clinical characteristics and outcomes of critically ill patients with COVID-19 in Sweden – a population-based cohort study. Abstract presentation at the Nordic Conference of Epidemiology and Register-Based Health Research (NordicEPI). 18. – 19. August 2022. Reykjavik.
  • Sundh J, Ekström M, Palm A, Ljunggren M, Emilsson Ö, Grote L, Cajander S, Li H, Nyberg F. COVID-19 and risk of oxygen-dependent chronic respiratory failure – a national cohort study. Poster at the Svenska Lungkongressen. 27. – 29. April 2022. Malmö

2021

  • Nyberg F, Franzén S, Lindh M, Vanfleteren L, Hammar N, Wettermark B, Sundström J, Santosa A, Björk S, Gisslen M. SCIFI-PEARL – en bred nationell studie av covid-19 med en kontinuerlig uppdaterad databas. [SCIFI-PEARL: Swedish Covid-19 Investigation for Future Insights – a Population Epidemiology Approach using Register Linkage]. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2020.
  • Nyberg F, Franzén S, Santosa A, Vanfleteren L, Hammar N, Sundström J, Lindh M, Björk S, Gisslén M, Wettermark B. SCIFI-PEARL: Swedish Covid-19 Investigation for Future Insights – a Population Epidemiology Approach using Register Linkage. Poster at the 37th International Conference on Pharmacoepidemiology and Therapeutic Risk Management (ICPE 37) of the International Society of Pharmacoepidemiology (ISPE). Digital, 2021.
  • Nyberg F, Santosa A, Parmryd I, Wettermark B, Franzén S. Impact of Statin Treatment on COVID-19 Risk and Outcome – a Potential Positive Effect on Survival. Poster at the 37th International Conference on Pharmacoepidemiology and Therapeutic Risk Management (ICPE 37) of the International Society of Pharmacoepidemiology (ISPE). Digital, 2021.
  • Santosa A, Franzén S, Wettermark B, Parmryd I, Nyberg F. Protective effects of statin treatment on COVID-19 risk, severity and fatal outcome – a nationwide Swedish cohort study. Abstract presentation at the Nordic Pharmacoepidemiological Networks 13th annual meeting (NorPEN). Digital, 2021.
  • Kirui B, Santosa A, Franzén S, Vanfleteren L, Stridsman C, Nyberg F. Characteristics and outcomes of COVID-19 patients with preexisting COPD in Sweden: A population-based register study. Abstract presentation at the Nordic Pharmacoepidemiological Networks 13th annual meeting (NorPEN). Digital, 2021.
  • Nyberg F, Lindh M, Vanfleteren L, Hammar N, Wettermark B, Sundström J, Santosa A, Kirui B, Gisslén M. Potentiella biverkningar för Covid-19-vacciner – bakgrundsincidenser varierar med ålder och kön, över tid och påverkas av pandemin – en befolkningsbaserad registerstudie inom SCIFI-PEARL-projektet. [Potential side effects of COVID-19 vaccines - background incidences vary with age and gender, over time and are affected by the pandemic - a population-based registry study within the SCIFI-PEARL project]. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2021.
  • Kirui B, Santosa A, Franzén S, Vanfleteren L, Stridsman C, Nyberg F. Karakterisering av COVID-19-patienter med astma i Sverige - en befolkningsbaserad registerstudie inom SCIFI-PEARL-projektet. [Characterization of COVID-19 patients with asthma in Sweden - a population-based register study within the SCIFI-PEARL project]. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2021.
  • Kirui B, Santosa A, Franzén S, Vanfleteren L, Stridsman C, Nyberg N. Riskfaktorer och covid-19-utfall bland patienter med kronisk obstruktiv lungsjukdom i Sverige – en populations-baserad registerstudie inom SCIFI-PEARL Projekt. [Risk factors and covid-19 outcome in patients with chronic obstructive pulmonary lung disease in Sweden - a population-based registry study within the SCIFI PEARL Project]. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2021.
  • Labor M, Nyberg F, Kirui B, Vanfleteren L. Inhalerade kortikosteroider (IKS) och covid-19 – potentiell skyddande effekt på svårighetsgrad och överlevnad – preliminära resultat av SCIFI-PEARL-projektet. [Inhaled corticosteroids and covid-19 - potential protective effect on severity and survival - preliminary results from the SCIFI-PEARL project]. Abstract at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2021.
  • Nwaru C, Santosa A, Franzén S, Nyberg F. Yrke och Covid-19-utfall bland utrikesfödda och svenskfödda i Sverige- en registerbaserad studie inom SCIFI-PEARL projektet. [Occupation and Covid-19 outcome among foreign-born and Swedish-born in Sweden - a register-based study within the SCIFI-PEARL project]. Poster at the State of the Art Covid-19 Conference. Digital, 2021.

Trysell, K. (2021, November 25). Svenska forskare: Statiner tycks skydda mot död i covid-19. https://lakartidningen.se/aktuellt/nyheter/2021/11/svenska-forskare-statiner-tycks-skydda-mot-dod-i-covid-19/

SCIFI-PEARL intern projektgrupp
SCIFI-PEARL intern projektgrupp från vänster till höger: Ailiana Santosa, Yiyi Xu, Maria Bygdell, Chioma Nwaru, Brian Kirui, Patricia Ernst, Huiqi Li, Fredrik Nyberg
Foto: Huiqi Li

Registerepidemiologi

SCIFI-PEARL projektet är del av forskargruppen i registerepidemiologi och är knuten till  Avdelning för samhällsmedicin och folkhälsa vid Göteborgs Universitet.