Grupp Anders Ståhlberg

Sammanfattning av forskning

Se engelsk version av sidan.

Forskningsverktyg och resurser

Vi tillämpar ett brett utbud av cell- och molekylärbiologiska metoder. Dessa inkluderar 3D-cellodlingssystem som baserade både på patient-deriverade och bioprintade scaffolds och vi använder oss av stamceller, tumörcellinjer, primärceller och musxenograftsystem. Molekylära metoder inkluderar ett flertal NGS tekniker, qPCR, digital PCR, MS, IP, PLA och FACS.

Vi har ett särskilt intresse av tekniker som möjliggör analyser av enskilda celler och molekyler som vi utvecklar själva och tillämpar för att undersöka biologiska processer. Vi utför även bioinformatik där vi fokuserar på DNA- och RNA-analyser. Vi hantera även kliniska prover såsom olika typer av vävnadsbiopsier och vätskebiopsier vilket innefattar blod och urin.

Vi arbetar i ett nära samarbete med Translational Genomics Platform på Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine.

Nuvarande gruppmedlemmar

Anders Ståhlberg, PhD, Professor, PI
Tobias Österlund, PhD, Bioinformatiker/Forskare
Emma Jonasson, PhD, Forskare
Parmida Ranji, PhD, Forskare
Daniel Andersson, PhD, Forskare
Anna Gustafsson, PhD, Postdoc
Peter Micallef, PhD, Postdoc
Malin Lindén, PhD, Postdoc
Firaol Tamiru, PhD, Postdoc
Amin Forootan, MSc, Doktorand (med MultiD Analyses)
Lisa Andersson, MSc, Doktorand
Florian Puls, MD, Doktorand
Manuel Luna Santa-María, MSc, Doktorand
Mandy Escobar, MSc, Doktorand
Vilma Canfjorden, MSc, Doktorand
Heba Albatrok, MSc, Biträdande forskare
Pia Mouhanna, MSc, Biträdande forskare
Christoffer Vannas, Läkare, Associerad doktorand
Eivind Stensrud, MSc, (med eDNA Solutions)
Hana Komic, MSc, Associerad doktorand
Elisabeth Mellström, Läkare, Associerad doktorand
Marta Berndsen, Läkare, Associerad doktorand
Ida Rahmqvist, MSc, Associerad doktorand
Jacob Malchau Lauesgaard, Läkare, Associerad doktorand
Anna Fager, MD, Associerad doktorand

Vi tar emot ansökningar för masteruppsatser.

Utvalda publikationer

1. UMIErrorCorrect and UMIAnalyzer: Software for Consensus Read Generation, Error Correction, and Visualization Using Unique Molecular Identifiers.
   Österlund T, Filges S, Johansson G, Ståhlberg A. Clin Chem. 2022 Nov 3;68(11):1425-1435.
    

2. FUS-DDIT3 Fusion Oncoprotein Expression Affects JAK-STAT Signaling in Myxoid Liposarcoma.
   Dolatabadi S, Jonasson E, Andersson L, Luna Santa Maria M, Österlund T, Åman P, Ståhlberg A. Frontiers in Oncology, 2022, 12:816894.
    
3. FET fusion oncoproteins with BRD4 and SWI/SNF chromatin remodeling complex subtypes.
   Lindén M, Vannas C, Österlund T, Andersson L, Osman A, Escobar M, Fagman H, Ståhlberg A, Åman P. Molecular Oncology, 2022, doi: 10.1002/1878-0261.13195
    
4. Monitoring circulating tumor-DNA during surgical treatment in patients with gastrointestinal stromal tumors.  
   Johansson G, Berndsen M, Lindskog S, Österlund T, Fagman H, Muth A, Ståhlberg A. Molecular Cancer Therapeutics, 2021, 20:2568-76.         
    
5. Digital quantification of chemical oligonucleotide synthesis errors.  
   Filges S, Mouhanna P, Ståhlberg A. Clinical Chemistry, 2021, 67:1384-94
    
6. The PEMDAC phase 2 study pembrolizumab and entinostat in patients with metastatic uveal melanoma.
   Ny L, Jespersen H, Karlsson J, Alsén S, Filges S, All-Eriksson, Andersson B, Carneiro A, Helgadottir H, Levin M, Ljuslinder I, Olofsson Bagge R, Sah V, Stierner U, Ståhlberg A, Ullenhag G, Nilsson LM, Nilsson JA. Nature Communications, 2021, 12:5155.
    
7. Ultrasensitive DNA immune repertoire sequencing using unique molecular identifiers.
   Johansson G, Kaltak M, Rîmniceanu C, Singh AK, Lycke J, Malmeström C, Hühn M, Vaarala O, Cardell S, Ståhlberg A. Clinical Chemistry, 2020, 66:1228-37.
    
8. Total mRNA quantification in single cells: sarcoma cell heterogeneity.
   Jonasson E, Andersson L, Dolatabadi S, Ghannoum S, Åman P, Ståhlberg A. Cells, 2020, 9:759.
    
9. Patient-derived scaffolds uncover breast cancer promoting properties of the microenvironment.
   Landberg G, Fitzpatrick P, Isakson P, Jonasson E, Karlsson J, Larsson E, Svanström A, Rafnsdottir S, Persson E, Gustafsson A, Andersson D, Rosendahl J, Petronis S, Ranji P, Gregersson P, Magnusson Y, Håkansson J, Ståhlberg A.
   Biomaterials, 2020, 235:119705
    
10. Circulating cell-free tumor DNA analysis in pediatric cancers.
    Andersson D, Fagman H, Dalin MG, Ståhlberg A. Moleular Aspects of Medicine, 2020, 72:100819.

Fler publikationer från grupp Anders Ståhlberg på PubMed