Hoppa till huvudinnehåll
Bild
Liten krabba i handen på en forskare.
Foto: Mattias Obst
Länkstig

SWEDNA - Swedish eDNA lab

Forskningsgrupp

Kort beskrivning

Välkommen till Swedish eDNA:s (SWEDNA) webbsida. SWEDNA är en forskargrupp finansierad av miljöforskningsanslag från Naturvårdsverket i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten.

De flesta organismer lämnar DNA-spår i omgivningen, så kallat e-DNA (environmental DNA). Idag har molekylärbiologin utvecklat så pass sofistikerade metoder att vi kan upptäcka de allra minsta delarna av sådana DNA-spår. Sådana diagnostikverktyg kan användas för att studera struktur och förändringar i biologiska samhällen, som tex skyddade habitat.

SWEDNA:s laboratorium kommer att skräddarsy miljödiagnostiska metoder baserad på e-DNA för tillämpning i akvatiska miljöer.

Välkommen till SWEDNA

Välkommen till Swedish eDNA:s (SWEDNA) webbsida. SWEDNA är en forskargrupp finansierad av miljöforskningsanslag från Naturvårdsverket i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten.

Du hittar en översikt över alla DNA-baserade forskningsprojekt på Naturvårdsverkets webbsida Forskning om DNA-metoder inom miljöövervakning”.

Referensgrupp

Sara Peilot (Vänerns vattenvårdsförbund)
Carin Nilsson (Medins Havs- och Vattenkonsulter AB)
Johanna Bergkvist (Marine Monitoring AB)
Patrik Bohman (SLU, Uppsala)
Malin Strand (SLU, Artdatabanken)
Cecilia Andersson (Stena Line Maritime Sector)
Erland Lettevall (Swedish Agency for Marine and Water Management)
Vacant (Swedish Environmental Protection Agency)

Sociala Medier

Vi finns på:

Twitter

@mucofloris, #eDNA

LinkedIn

Mattias Obst Marine

Resultat

Hestetun, J.  T., Lanzén, A., Skaar, K. S., & Dahlgren, T. G. (2021). The impact of DNA extract homogenization and replication on marine sediment metabarcoding diversity and heterogeneity. Environmental DNA https://doi.org/10.1002/edn3.223

Hestetun, J. T., Lanzén, A., & Dahlgren, T. G. (2021). Grab what you can—an evaluation of spatial replication to decrease heterogeneity in sediment eDNA metabarcoding. PeerJ, 9, e11619 https://doi.org/10.7717/peerj.11619

M Obst, K Exter, AL Allcock, C Arvanitidis, A Axberg, M Bustamante, ... Sundberg P,…(2020) A marine biodiversity observation network for genetic monitoring of hard-bottom communities (ARMS-MBON) Frontiers in Marine Science 7: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2020.572680/full
 
Sundberg, P., Panova, M., Strand, M. & M. Svensson. 2020. eDNA och fiskinventeringar - ställ krav på rapporterna. Fauna & Flora 115:4
 
Hestetun, J., Lanzén, A., Skaar, K., & Dahlgren, T.G. (2020). The impact of DNA extract homogenization and replication on marine sediment metabarcoding diversity and heterogeneity. Authorea Preprints.
 
Felix Bravell (2020) Vilka faktorer är viktiga vid eDNA provtagning? B.Sc. thesis in Marine Sciences, Supervisor Marina Panova. Dpt of Marine Sciences, University of Gothenburg

Exter K, Decruw C, Portier M, Gerovasileiou V, Pavloudi C, Obst M (2020) Genomics Observatory Use-Case: The challenge to standardise image and sequence data to Darwin Core format. Biodiversity Information Science and Standards 4: e58938
doi: 10.3897/biss.4.58938

Pavloudi, C.; Chrismas, N.; Troncoso, J.S.; Norkko, J.; Viard, F.; Mortelmans, J.; Mavric, B.; Gerovasileiou, V.; Arvanitidis, C.; Kotoulas, G.; Obst, M. (2019) Artificial Reef Monitoring Structures (ARMS) providing insights on the marine biodiversity and community structure. http://www.eurobis.org/imis?module=ref&refid=311999

Kutti T, Johnsen IA, Skaar KS, Ray JL, Husa V and Dahlgren TG (2020) Quantification of eDNA to Map the Distribution of Cold-Water Coral Reefs. Front. Mar. Sci. 7:446. doi: 10.3389/fmars.2020.00446

Hestetun JT, …Dahlgren T (2020) Significant taxon sampling gaps in DNA databases limit the operational use of marine macrofauna metabarcoding. Marine Biodiversity 50:70 https://doi.org/10.1007/s12526-020-01093-5

Sundberg P, Liungman M (2019) Övervakning av flodpärlmussla med eDNA – en pilotstudie. Rapport till Länsstyrelsen i Jönköpings län. version 1.2. Projektnr. 3343.

Bohman P, Sundberg P, Klint M, Obst M (2018). Jakten på solabborren (Lepomis gibbosus) - en eDNA-studie i Kungsbackaån. Drottningholm Lysekil Öregrund: (NL, NJ). Department of Aquatic Resources, Sveriges lantbruksuniversitet. Aqua Reports 2018:21. https://pub.epsilon.slu.se/15801/

Sundberg, P., Obst, M., Bourlat, S., Bergkvist, J. & M.  Magnusson, (2018). Utvärdering av ny övervakning av främmande arter. (Evaluation of new ways to monitor alien species). Swedish Agency for Marine and Water Management Report 2018:24 55 pp.  https://www.havochvatten.se/hav/uppdrag--kontakt/publikationer/publikationer/2018-08-23-utvardering-av-ny-overvakning-av-frammande-arter.html

Dnyansagar R, Zimmermann B, Moran Y, Praher D, Sundberg P, Friis-Møller L, Technau U (2018) Dispersal and speciation: The cross Atlantic relationship of two parasitic cnidarians. Molecular Phylogenetics and Evolution 126 (346-355) https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.04.035

Sundberg, P., M. Berggren & T. Dahlgren (2017). Test av eDNA och ddPCR som metod för att upptäcka/övervaka invasiva främmande arter (IAS): svartmunnad smörbult och blåskrabba. Rapport till Havs- och vattenmyndigheten.

Sundberg, P., Q. Haenel & S. Bourlat (2016). Utvärdering av DNA-streckkodning och referensbibliotek för övervakning av invasiva främmande arter. Rapport till Havs- och vattenmyndigheten.

Medlemmar

Per Sundberg
Seniorforskare

Marina Panova
Forskare

Matthias Obst     
Forskare

Thomas Dahlgren
Forskare

Rasmus Martaeng
Master student

Marty Breidenbach
Master student