Hoppa till huvudinnehåll
Länkstig

Anders Blomberg

Professor

Institutionen för kemi och
molekylärbiologi
Telefon
Besöksadress
Medicinaregatan 9 c
41390 Göteborg
Postadress
Box 462
40530 Göteborg

Om Anders Blomberg

KORT CV Anders Blomberg disputerade i mikrobiologi 1988 på en avhandling med titeln "Osmoregulation and Osmotolerance in yeast". Han har sedan 2002 en tjänst som professor i Funktionsgenomik vid Göteborgs universitet. Han var under åren 2001 - 2008 program-chef för den svenska nationella Forskarskolan i genomik och bioinformatik. Blomberg är sedan 2010 vice koordinator för Centrum för marin evolutionsbiologi (CEMEB) vid universitetet. Han har publicerat 95 primär-publikationer i internationella tidskrifter och 15 översiktsartiklar/bok-kapitel (h-index 41; antal citeringar 7600). Blomberg driver en forskargrupp på 7 - 10 personer, och har totalt varit huvud-handledare för 13 doktorander och 17 post-docs.

FORSKARGRUPP (2019-11-25) Ulrika Lind (forskare), Magnus Alm Rosenblad (forskare), Anna Abramova (post-doc), Vaskar Mukherjee (post-doc, delad med Chalmers), Ashraful Alam (master’s-student), Sameh az Aldeen (master’s-student)

FORSKNING Forskningen i Blombergs grupp löper längs fyra huvudspår:

i) Osmoregulatoriska mekanismer hos eukaryoter Blomberg har under lång tid använt genom-vida tekniker, t.ex. proteomik och fenomik, på jästsvampen Sacchaomyces cerevisiae för att studera salt-stress och osmoregulatoriska mekanismer. Dessa studier har resulterat i identifiering av gener involverade i produktionen av osmolyten glycerol (GPD1, GPP2), visat på vikten av N-terminal acetylering för specifika stressproteiner (TFS1) och gett en molekylär förståelse av saltstress-inducerad dihydroxiaceton-toxicitet (DAK1). Vi har också på senare tid inlett undersökningar av gener som är viktiga i osmoregulering i havstulpanen Balanus improvisus, via studier av t.ex. den primära transportören Na+/K+ ATPas, aquaporiner och prolin biosyntetiska komponenter. Salt-kontrollerade gener i B. improvisus har undersökts via RNA-sekvensering och heterologt uttryck i jäst för funktionell karakterisering. Vi genomför också populations-genomik och populations-fenomik studier på den extremt salt-toleranta marina jästsvampen Debaryomyces hansenii.

Utvalda publikationer: Lind, U., M. Järvå, M. Alm Rosenblad, P. Pingitore, E. Karlsson, A.-L. Wrange, E. Kamdal, K. Sundell, C. André, P. R. Jonsson, J. Havenhand, L. A. Eriksson, K. Hedfalk, A. Blomberg Analysis of aquaporins from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals differential expression in response to changes in salinity. PLoS One, (2017) 12:e0181192

Lind, U., Alm Rosenblad, M., Wrange, A.-L., Sundell, K.S., Jonsson, P.R., André, C., Havenhand, J., Blomberg, A. Molecular characterization of the α-subunit of Na+/K+ ATPase from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals multiple genes and differential expression of alternative splice variants PLoS One, (2013) 8:e77069

ii) Fenomik - storskalig fenotypisk profilering Fenotypisk profilering av genetiskt definierade stammar, t.ex. specifika gen-deletioner eller fullt sekvenserade naturliga isolat, är nödvändigt för att få en förståelse av relationen mellan genotyp och fenotyp. Vi utvecklar metodik för storskalig hög-upplöst fenotypning av mikrobiell tillväxt. Våra system möjliggör analys av upp till 100,000 mutanter/stammar per vecka baserat på automatiserad odling och mätning, i kombination med robust statistik och extraktion av tillväxtegenskaper. I olika samarbeten har vi också utvecklat och karakteriserat genetiskt manipulerade stammar. Den fenotypiska informationen finns tillgänglig på vår fenomik-databas PROPHECY.

Utvalda publikationer: Zackrisson, M., J. Hallin, L-G Ottosson, P. Dahl, E. Fernandez-Parada, E. Ländström, L. Fernandez-Ricaud, P. Kaferle, A. Skyman, S. Omholt, U. Petrovic, J. Warringer, A. Blomberg Scan-o-matic: high-resolution microbial phenomics at a massive scale G3: Genes, Genomes, Genetics, (2016) 6:3003

Warringer J, Zörgö E, Cubillos FA, Zia A, Gjuvsland A, Simpson JT, Forsmark A, Durbin R, Omholt SW, Louis EJ, Liti G, Moses A, Blomberg A. Trait variation in yeast is defined by population history PLoS Genetics (2011) 7:e1002111

Liti, L., Carter, D., Moses, Warringer, J, A., Parts., L., James, S.A., Robert, P.D., Roberts, I.N., Burt, A., Koufopanou, V., Tsai, I.J., Bergman, B., Bensasson, D., O’Kelly, M.J.T., von Oudenaarden, A., Barton, D.B.H., Bailes, E.,Nguyen, A.N., Jones, M., Qual, M.A., Goodhead, I., Sims, S., Smith, F., Blomberg, A., Durbin, R., and Louis, E.J. Population genomics of domestic and wild yeasts. Nature (2009) 458:337

iii) Marin bioteknik Blomberg är involverad i flera projekt inom marin bioteknik: i) Studier av mekanismer för att motverka påväxt i marin miljö (båtbottenfärg), med tonvikt på molekylära studier av havstulpan Balanus improvisus som är huvudsakliga boifouling-organismen på fartygsskrov och konstruktioner i europeiska vatten. Dessa undersökningar har lett till identifiering och karakterisering av fem octopamine receptorer som är involverade i avkänning av det påväxt-hindrande ämnet medetomidin (säljs under namnet "Selectope". ii) Proteomik-analys för identifikation av komponenter i slem hos pirålen Myxine glutinosa för tillämpningar inom biomedicin. iii) Analys av havstulpanens cementproteiner för utveckling av undervattens-lim. iv) Utforskning av nya marina ämnen via kemiska-genetiska high-throughput analyser för få en uppfattning om ämnenas mode-of-action.

Utvald publikationer: Abramova, A., Lind U., Blomberg A., Alm Rosenblad M The complex barnacle perfume: Identification of waterborne pheromone homologues in Balanus improvisus and their differential expression during settlement Biofouling, (2019) 35:416

Ulrika Lind, Magnus Alm Rosenblad, Linda Hasselberg Frank, Susanna Falkbring, Lars Brive, Jonne M Laurila, Katariina Pohjanoksa, Anne Vuorenpää; Jyrki P. Kukkonen Lina Gunnarsson, Mika Scheinin, Lena G.E. Mårtensson Lindblad and Anders Blomberg. Octopamine receptors from the barnacle Balanus improvisus are activated by the α2-adrenoceptor agonist medetomidine. Molecular Pharmacology (2010) 78:237

iv) Genom-sekvensering av havstulpanen Balanus improvisus Gruppen har varit inblandade i ett antal genom-sekvenseringsprojekt för marina organismer som finns längs den svenska västkusten, med syftet att utveckla ett antal marina nyckel-arter inom ekologi och marin bioteknik till kraftfulla genetiska modellsystem. Framför allt drivs projekt kring att ta fram ett bra referens-genom för havstulpanen Balanus improvisus.

Utvald publikation: Alm Rosenblad, M., Abramova, A., Lind, U., Ólason, P., Giacomello,S., Nystedt, B., Blomberg, A. A pilot study for the sequencing of the barnacle Balanus improvisus genome reveals extreme genetic diversity To be submitted

UNDERVISNING - Bioinformatik och funktionsgenomik, 15hec (BIO210) - Avancerad funktionsgenomik, 15hec (BIO406) - Läkemedelsutveckling, 7,5hp (BIO523) - Kursansvarig: Bioinformatik och funktionsgenomik, 15hps (BIO210) (sedan 2000) - Kursansvarig: Avancerade funktionsgenomik, 15hp (BIO406) (sedan 2012) - Programchef för master's-programmet i genomik och systembiologi (sedan 2012)

FÖRTROENDEUPPDRAG - Vice föreståndare för Centrum för marina evolutionsbiologi (sedan 2010) (Göteborgs universitet.) - Medlem i Scientific Advisory Board för jäst-databasen Saccharomyces Genome Database (SGD) vid Stanford Universitet, USA (2006 - 2017) - Editorial board för FEMS Yeast Research (sedan 2007) - Editorial board för Microbial Cell (sedan 2013) - Medlem i organisationskommittén för det internationella Yeast Genetics mötet (2008- 2013) - Medlem av utvärderingskommittén för Svenska Vetenskapsrådet (2011 och 2012) - Ordförande för utvärdering av högre biologisk grundutbildning i Sverige (HSV / Uka) (2012) - Ordförande för utvärdering av European Science Foundation för den europeiska rymdorganisationens (ESA) programmet (2009) - Programchef för svenska nationella forskarskolan i genomik och bioinformatik (2002 - 2008)