Spatial Biology
Spatial Biology Lab på Sahlgrenska akademin/GU är en samarbetsinriktad forskningsmiljö med fokus på spatial upplöst molekylär profilering av biologiska vävnader. Verksamheten samlar nyckelkompetens inom patologi, histologi, mikroskopi, masspektrometribaserad biokemisk avbildning, in situ- och ex situ-baserad next generation-sekvensering samt dataanalys för integrerade experiment inom spatial biologi.
Vi integrerar heltäckande kompetens inom spatial biologi – från optimerad provinsamling, vävnads upparbetning och histologisk annotering till multiomics data insammling och analys. Laboratoriet tillhandahåller spetskompetens för att integrera avancerade spatiala teknologier som täcker alla steg i ett spatialt biologi-arbetsflöde. Detta är avgörande för detaljerad kartläggning av vävnadsarkitektur och molekylära distributioner för att driva vetenskapliga framsteg inom en rad biomedicinska områden.
Spatiala biologiska-teknologier
Vi har etablerat avancerade tekniker för spatial biologi och in situ-molekyläranalys. Detta omfattar genome-wide spatial transkriptomik samt spatial proteomik via GeoMx-plattformen.
Vidare har laboratoriet ledande expertis inom spatial analys av lipider och metaboliter med hjälp av kemisk avbildning, särskilt masspektrometriavbildning (MSI). Här använder vi två plattformar: en Bruker Rapiflex TOF/TOF och en Waters Synapt ion mobility TOF utrustad med en DESI-källa.
Vi integrerar dessutom dessa spatiala omikverktyg med etablerade metoder såsom fluorescens- och ljusfältsmikroskopi för immunohistokemi och RNAscope.
Histologi – Molekylär patologi
Mikroskopi och histopatologi erbjuder centrala visualiseringsverktyg för att undersöka vävnads- och cellstrukturer. Genom ljusfälts- och fluorescensavbildning möjliggörs detaljerad observation av morfologiska och molekylära egenskaper, vilket stödjer forskning inom många biologiska discipliner.
Det histologilaboratorium som är kopplat till spatial biology-plattformen tillhandahåller nyckelkompetens och teknik inom vävnadsfixering, inbäddning, (kryo)snittning och ett brett spektrum av färgningsprotokoll, vilket säkerställer tillförlitlig bevarande och visualisering av vävnadsmorfologi och molekylära mål.
Dessa processer är avgörande och kräver projektspecifik optimering för att bevara vävnadens integritet och säkerställa kompatibilitet med avancerade omik-teknologier.
