- Ett av kännetecknen för enheterna inom Core Facilities är öppenhet och när denna nya analysutrustning inom masspektrometri nu placeras vid PCF blir den tillgänglig för alla forskare, särskilt vid Sahlgrenska akademin och Västra Götalandsregionen, säger Carina Sihlbom, enhetschef på Proteomics Core Facility.
Elisabet Carlson, chef för Core Facilities, framhäver också hon vikten av samverkan i regionen, samt att ALF-medlen är viktiga för tillgängliggörandet av tung, avancerad utrustning:
- Genom samverkan i regionen kan vi bibehålla hög nivå både på teknisk utrustningen men också på den expertis och kompetens som vi kan erbjuda. Det är därför glädjande att se fortsatta satsningar på forskningsinfrastruktur, säger Elisabet.
Forskning med spjutspets
Kvantifiering av protein har utförts i cirka 40 procent av studierna som genomförts vid enheten de senaste tre åren. Därför tror Carina att uppgraderingen av den nuvarande versionen av Orbitrap-instrumentet kommer ge resultat och vara efterfrågad.
- För att kunna driva forskningen framåt med spjutspets och publicera resultaten i high impact-tidskrifter även fortsättningsvis, är det av yttersta vikt att vi kan erbjuda analyser med de känsligaste och mest högpresterande analysinstrumenten, säger Carina.
Tillgänglig 2022
Uppgraderingen av masspektrometerutrustningen kommer exempelvis innebära att låguttryckta proteiner lättare kan identifieras. Nya massfilter kommer även ge bättre selektivitet och känslighet, vilket gör att datamatchning kan ske i realtid under analysens gång för ökat dynamiskt område och noggrannhet.
- Under senare delen av 2022 kommer instrumentet finnas installerat och forskare kan då registrera sina projekt via facilitetens webbsida efter initiala diskussioner med oss om antal prov och hur provmaterial ska samlas in, berättar Carina.
Pågående projekt
ALF-ersättningen är avsedd för klinisk forskning och utbildning av hög kvalitet med tydlig patientnytta och relevans för hälso- och sjukvården. Nedan är exempel på pågående projekt vid PCF, där analys av proteiner är centralt:
För relativ kvantifiering av protein extraherat från vävnads-biopsi av tex njure eller hjärta är ett instruments känslighet och snabbhet avgörande för antal kvantifierade proteiner. Så många proteiner som möjligt måste detekteras för att en sjukdoms händelseförlopp ska kunna kartläggas.
För fosforylerade proteiner är lokalisering av fosforylering direkt relaterat ett instruments känslighet. Detektion av fosforylering ger direkt insikt i de molekylära reaktionerna som är betydande bland annat inom cancer och inflammationsforskning. Forskningen sker både i klinik och även i modellsystem för att testa respons av behandling.
För glykosylerade proteiner, dess struktur och interaktioner är selektiviteten med de nya massfiltren samt instrumentets snabbhet avgörande. Kliniska studier av glykoprotein har det senaste året blivit belyst i media relaterat till Covid-19, då glykoproteinet är avgörande för bindning mellan humana cellers protein och virus. Även flera metabola sjukdomar beror på problem med proteiners glykosylering.
