Hoppa till huvudinnehåll
Bild
Bioinformatics utbildning online
Länkstig

Bioinformatik: storskalig data från medicinsk och biologisk forskning

Publicerad

Med de avancerade informationsteknologiernas intåg i life science, har mängden molekulärdata ökat mer än någon kunnat förutspå. På core faciliteten Bioinformatics finns ett expertteam som är specialiserade på att hantera just denna stora mängd data.

Med den ökande mängden biodata har analys, visualisering och tolkning av informationen blivit en nyckelfaktor för högkvalitativ forskning inom medicin och biologi. Teamet på Bioinformatics Core Facility kan med sin spetskompetens erbjuda detta forskningsstöd som inbegriper såväl hantering och analys, som integration och visualisering av storskalig data.

– Genom att vi är en forskningsinfrastruktur kan vi dedikera våra resurser till att ge kvalificerat stöd till de forskare som använder vår facilitet. Vårt fokus ligger på analys av data från genomic, proteomic och epidemiologi, säger enhetschef Marcela Dávila

Lokala och internationella projekt

– De flesta av våra projekt kommer från den akademiska sektorn, där våra största partners är Göteborgs universitet, Lunds universitet och Karolinska institutet. Vi jobbar också med internationella aktörer så som Heidelberg University and the University of Tokyo, berättar Marcela.

Teamet stöttar även lokal och regional forskning inom hälso- och sjukvård, exempelvis på Sahlgrenska universitetssjukhuset, Folktandvården Västra Götaland och Södra Älvsborgs Sjukhus.

Skräddarsydd analys

Varje år tar faciliteten emot i genomsnitt 90 olika projekt som var och ett kräver en kombination av standardprocedurer och skräddarsydda analyser.

– Den stora bredden på det stöd inom bioinformatik som vi kan erbjuda, ger forskare möjlighet att stärka upp sitt projekt från start till mål, inklusive planering och studiedesign, säger Marcela.

Några vanliga analyser som kan genomföras är:

Estimation of gene expression and methylation levels, either genome-wide or single cell

Prediction of disease-causing mutations, including monogenic, polygenic and cancer cases, either from single samples or large cohorts

Applied statistics, such as survival analysis, logistic regressions, growth modeling and risk scoring   

Utbildning och praktisk kunskap

Utöver forskningsstöd erbjuder faciliteten också utbildning, bland annat genom sex kurser på doktorandnivå, strategiskt utplacerade över året så att kursdeltagarna ska kunna ta sig an mer avancerade moment för varje kurs.

Det erbjuds också regelbundet kompetenshöjande och praktiska workshops som tar upp en mängd olika analysmetoder och applicerar dem på verkliga fall, berättar Marcela.

– Vi vill gärna höja bioinformatik- och statistikkunskapen bland forskargrupperna, och därför erbjuder vi doktorandkurser men också personliga möten och praktiska workshops, säger hon.

Hålla sig uppdaterad

För att teamet själva ska hålla sig uppdaterade inom fältet, som är under ständig utveckling, är de delaktiga i internationella forskningsprojekt och kurser.

– Några av våra experter finns med i forskargrupper på Sahlgrenska akademin och vi ordnar också så att teamet kan vara gästforskare på institutioner utomlands, säger Marcela.

Lite historia om Bioinformatics Core Facility

1999 resulterade ett samarbete mellan Göteborgs universitet och Chalmers i Sveriges första mastersprogram inom bioinformatik, samt uppstarten av National Research School in Genomics and Bioinformatics. Mellan 2000 och 2007 utvecklades plattformen vidare genom Swegene för att 2013 bli Bioinformatics Core Facility (BCF) vid Göteborgs universitet. Idag ingår fyra bioinformatiker och fyra statistiker med olika kompetens och som alla kompletterar varandra.  

Ett brett nätverk inom bioinformatik

Sedan 2011 har bioinformatiken i göteborgsregionen samlats under GOTBIN - Gothenburg Bioinformatics Network. Här har BCF en nyckelroll för att håll anätverket levande och bland annat ordna årliga event. På sverigenivå finns även den nationella infrastrukturen NBIS. BCF är också en del av Bionfo-Core network, som är en internationell kunskapsdelningsplattform.