Med den ökande mängden biodata har analys, visualisering och tolkning av informationen blivit en nyckelfaktor för högkvalitativ forskning inom medicin och biologi. Teamet på Bioinformatics Core Facility kan med sin spetskompetens erbjuda detta forskningsstöd som inbegriper såväl hantering och analys, som integration och visualisering av storskalig data.
– Genom att vi är en forskningsinfrastruktur kan vi dedikera våra resurser till att ge kvalificerat stöd till de forskare som använder vår facilitet. Vårt fokus ligger på analys av data från genomic, proteomic och epidemiologi, säger enhetschef Marcela Dávila
Lokala och internationella projekt
– De flesta av våra projekt kommer från den akademiska sektorn, där våra största partners är Göteborgs universitet, Lunds universitet och Karolinska institutet. Vi jobbar också med internationella aktörer så som Heidelberg University and the University of Tokyo, berättar Marcela.
Teamet stöttar även lokal och regional forskning inom hälso- och sjukvård, exempelvis på Sahlgrenska universitetssjukhuset, Folktandvården Västra Götaland och Södra Älvsborgs Sjukhus.
Skräddarsydd analys
Varje år tar faciliteten emot i genomsnitt 90 olika projekt som var och ett kräver en kombination av standardprocedurer och skräddarsydda analyser.
– Den stora bredden på det stöd inom bioinformatik som vi kan erbjuda, ger forskare möjlighet att stärka upp sitt projekt från start till mål, inklusive planering och studiedesign, säger Marcela.
Några vanliga analyser som kan genomföras är:
Estimation of gene expression and methylation levels, either genome-wide or single cell
Prediction of disease-causing mutations, including monogenic, polygenic and cancer cases, either from single samples or large cohorts
Applied statistics, such as survival analysis, logistic regressions, growth modeling and risk scoring
Utbildning och praktisk kunskap
Utöver forskningsstöd erbjuder faciliteten också utbildning, bland annat genom sex kurser på doktorandnivå, strategiskt utplacerade över året så att kursdeltagarna ska kunna ta sig an mer avancerade moment för varje kurs.
Det erbjuds också regelbundet kompetenshöjande och praktiska workshops som tar upp en mängd olika analysmetoder och applicerar dem på verkliga fall, berättar Marcela.
– Vi vill gärna höja bioinformatik- och statistikkunskapen bland forskargrupperna, och därför erbjuder vi doktorandkurser men också personliga möten och praktiska workshops, säger hon.
Hålla sig uppdaterad
För att teamet själva ska hålla sig uppdaterade inom fältet, som är under ständig utveckling, är de delaktiga i internationella forskningsprojekt och kurser.
– Några av våra experter finns med i forskargrupper på Sahlgrenska akademin och vi ordnar också så att teamet kan vara gästforskare på institutioner utomlands, säger Marcela.
1999 resulterade ett samarbete mellan Göteborgs universitet och Chalmers i Sveriges första mastersprogram inom bioinformatik, samt uppstarten av National Research School in Genomics and Bioinformatics. Mellan 2000 och 2007 utvecklades plattformen vidare genom Swegene för att 2013 bli Bioinformatics Core Facility (BCF) vid Göteborgs universitet. Idag ingår fyra bioinformatiker och fyra statistiker med olika kompetens och som alla kompletterar varandra.
