Bioinformatik och funktionsgenomik

Kursen är en fördjupningskurs i biologi på grundläggande nivå. Kursen kan ingå i kandidatprogrammen i Molekylärbiologi och Biologi samt masterprogrammen i Molekylärbiologi, Biologi och Bioinformatik. Kursen kan även sökas som fristående kurs.

Genomgångna baskurser i biologi omfattande 60 hp i ämnesområdena cellbiologi, molekylär genetik, evolution, botanisk och zoologisk fysiologi, ekologi samt biodiversitet och systematik, eller motsvarande, varav minst 30 hp måste vara godkända.

Alternativt;

Godkända kurser inom det första och andra året på kandidatprogrammet i Marin vetenskap. Minst 90 av 120 hp måste vara godkända.

Utöver ovanstående två förkunskapskrav krävs också Engelska nivå 6/ Engelska nivå 2.

Kursen innebär en fördjupad kontakt med begrepp och metoder inom den nya biologin som är baserade på den snabbt växande mängden av fulltständigt sekvenserade arvsmassor. Detta innefattar dels begrepp inom det rent teoretiska vetenskapsområdet bioinformatik med genomgång av algoritmer för databassökningar och klustring, samt information kring olika befintliga databaser, men också en detaljerad beskrivning av de storskaliga och genome-vida metoder som har möjliggjorts som en följd av all sekvensdata, som t.ex. DNA microarrays, proteomik med mass spektrometri samt fenomik. Kursen är mycket forskningsnära och exemplifierar metoder och tankesätt för att generera och tolka experimentella data.

Efter att ha genomgått kursen "Bioinformatik och funktionsgenomik" förväntas studenten:

Kunskap och förståelse

• ha kunskaper inom metodik för hantering och förståelse av sekvensinformation kring DNA och proteiner.
• ha en bra överblick över och förståelse av den information som finns tillgänglig vid publika databaser.
• ha en god bild av den stora mängden sekvensdata som idag finns tillgänglig.
• ha erfarenhet av hur man kan dra fysiologisk och ekologisk relevant information ur sekvensdata.
• ha en bred kunskap kring experimentella metoder för storskalig och genom-vid analys av molekylära komponenter.
• ha insikt om styrkor och svagheter kring olika metoder inom funktionsgenomik.
• ha bra överblick över olika experimentella modell-organismers svagheter och styrkor.
• ha grundläggande förståelse kring metodik och mål för bioinformatik.
• ha fördjupade kunskaper inom vetenskaplig metodik.

Färdighet och förståelse

• kunna läsa och förstå den vetenskapliga litteraturen inom bioinformatik och funktionsgenomik.

Värderingsförmåga och förhållningssätt

• visa förmåga att muntligt och skriftligt presentera och diskutera inhämtade data och information.

Kursen är baserad på föreläsningar, praktiska moment kring databaser och vissa program inom bioinformatik. Det ingår även två projektarbeten där studenterna bl.a. får skapa hypoteser och föreslå uppföljande experimentell verifiering/falsifiering utifrån den erhållna kunskapen.
Obligatoriska moment på kursen är laborationer samt andra övningar i grupp som framgår av kursens schema.

Undervisningsspråk: engelska

Kursen avslutas med en tentamen omfattande hela kursen. Under kursens gång ges ett tillfällen för "dugga" som inte betygsätts men där studenten måste klara godkänt. Två projektarbeten under kursens gång som innefattar både skriftlig och muntlig redovisning betygssätts.

Om en student som har underkänts två gånger på samma examinerande moment önskar byta examinator inför nästa examinationstillfälle ska en sådan begäran bifallas om det inte finns särskilda skäl däremot (6 kap. 22 § HF).

Om en student har fått besked om pedagogiskt stöd från Göteborgs universitet med rekommendation om anpassad examination och/eller anpassad examinationsform kan examinator, i det fall det är förenligt med kursens lärandemål och förutsatt att inte orimliga resurser krävs, besluta att bevilja studenten anpassad examination och/eller anpassad examinationsform.

Om en kurs har avvecklats eller genomgått en större förändring ska studenten erbjudas minst två examinationstillfällen, utöver ordinarie examinationstillfälle. Dessa tillfällen fördelas under en tid av minst ett år, dock som längst två år efter det att kursen avvecklats/förändrats. Vad gäller praktik och verksamhetsförlagd utbildning (VFU) gäller motsvarande, men med begränsning till endast ett ytterligare examinationstillfälle.

Om en student har fått besked om att denne uppfyller kraven för att vara student vid Riksidrottsuniversitetet (RIU-student) har examinator rätt att besluta om anpassning vid examination, om detta görs i enlighet med Lokala regler gällande RIU-studenter vid Göteborgs universitet.

På kursen ges något av betygen Väl godkänd (VG), Godkänd (G) och Underkänd (U).

Resultatet och eventuella förändringar i kursens upplägg ska förmedlas både till de studenter som genomförde värderingen och till de studenter som ska påbörja kursen.