Ny plattform för plasmaproteomik vid Proteomics Core Facility underlättar och möjliggör mer storskaliga och känsliga analyser inom precisionsmedicin

Plasma utgör en värdefull källa för klinisk diagnostik, då den speglar individens hälsa och sjukdomstillstånd. Tidigare har masspektrometri-baserad plasmaproteomik varit begränsad till kvantifiering av endast några hundra proteiner. Genom teknologiska framsteg inom provupparbetning och instrument för mass-spektrometri har både proteomtäckning och analyskapacitet förbättrats avsevärt, vilket nu möjliggör nya biomarkörstudier i kliniskt relevanta sammanhang.

Ett betydande genombrott inom plasmaproteomik är utvecklingen av nanopartiklar för anrikning av lågförekommande proteiner. Vid Proteomics Core Facility (PCF) har Biognosys' P2 Plasma Enrichment-teknologi nu implementerats, i kombination med automatiserad provupparbetning och analys på avancerade masspektrometrar såsom TimsTOF HT och den nyinstallerade Orbitrap Astral. Denna plattform möjliggör kvantifiering av upp till 7 000 proteiner i plasmaprover – en avsevärt högre täckning jämfört med tidigare metoder.

Plattformen kännetecknas av hög reproducerbarhet, kostnadseffektivitet och robusthet, vilket gör den särskilt väl lämpad för automatisering och storskaliga analyser. Dessa egenskaper är avgörande för biomarkörstudier inom precisionsmedicin, där analys av stora patientkohorter med hög datakvalitet är en förutsättning för framgångsrik translationell forskning.

– Proteomik kännetecknas av kontinuerlig innovation, och jag är mycket glad över att vi nu kan dra nytta av de senaste teknologiska framstegen. Vi ser fram emot att fortsätta stödja forskare med denna kraftfulla plattform och bidra till studier för diagnostik och banbrytande translationell forskning. Det är otroligt givande! säger Carina Sihlbom Wallem, enhetschef vid PCF, som är en del av den nationella forskningsinfrastrukturen BioMS och Clinical MS inom SciLifeLab.

Den nya plattformen möjliggör kvantifiering av 5 000–7 000 proteiner i plasma från patienter med olika sjukdomstillstånd, jämfört med cirka 4 500 proteiner i prover från friska kontroller. Detta ger forskare större förståelse för biologin och de mekanismer som är sjukdomsspecifika. Identifiering av biomarkörer och sjukdomsspecifika proteinsignaturer för olika tillstånd, såsom cancer, hjärt-kärlsjukdomar och infektioner, är avgörande för utvecklingen av precisionsmedicin och framtida individanpassade behandlingar.

– Biognosys har visat sig vara en professionell partner, och deras implementeringsteam har verkligen gjort en insats för att hjälpa oss att etablera detta arbetsflöde vid PCF, säger Carina Sihlbom Wallem.