Tvärvetenskap ett vinnande koncept
Bioinformatik är ett tvärvetenskapligt område som kombinerar biologi, medicin och datavetenskap för att analysera och tolka stora mängder biologiska data, särskilt molekylärdata som DNA-, RNA- och proteinsekvenser. Det bidrar till den medicinska forskningen genom en ökad förståelse av komplexa biologiska processer. Genom avancerade algoritmer och modellering kan forskare tolka stora datamängder för att förstå hur sjukdomar uppstår och utvecklas.
Bioinformatik används dessutom vid utveckling av nya läkemedel och identifiering av potentiella läkemedelskandidater och att bättre kunna förutsäga hur dessa interagerar med biologiska system.
Kompetens inom bioinformatik finns hos enheten Bioinformatics and Data Centre (BDC) som är en del av Core Facilities, där även andra typer av forskningsinfrastruktur är samlade.
Nyligen tilldelades sex av BDC:s bioinformatiker finansiering från Wilhelm och Martina Lundgrens vetenskapsfond, som årligen delar ut medel för forskning.
Här berättar fyra av dem om vilka projekt de bidrar till och hur de stödjer forskningen.
Bart Edelbroek
Bioinformatiker och koordinator för forskningsprojekt sedan 2024
I vilket projekt avser du använda stipendiet, och för vilket syfte?
—Projektet handlar om att hitta mönster av RNA-modifikationer hos patienter med olika typer av neuroblastom. Vi vill undersöka om högrisk-subtyper av neuroblastom har specifika RNA-modifikationer.
Förhoppningen är att en karakterisering av dessa modifikationer kan ge oss ökad förståelse för hur dessa typer av cancer uppstår, samt öppna upp nya möjligheter för behandling. Stipendiet kommer att användas för att finansiera de bioinformatiska analyserna av data i projektet.
Det vore fantastiskt om vår forskning kunde komma till nytta för många patienter och främst barn som drabbas av denna typ av solida tumörer.
Paula Di Santo Meztler
Bioinformatiker sedan 2024
I vilket projekt avser du använda stipendiet, och för vilket syfte?
—Projektet syftar till att klargöra hur medelhavsdieten har skyddande effekter hos patienter med symptomatisk ateroskleros.
Det övergripande målet är att identifiera nya, kostbaserade strategier för att optimera behandlingen efter akut koronart syndrom, minska risken för återkommande händelser och bidra till en mer individanpassad patientvård.
I detta projekt vill jag bidra till att integrera kost- och mikrobiombaserade strategier i den standardiserade hjärt-kärlvården.
Jag vill fortsätta utvecklas som bioinformatiker och använda mina färdigheter i meningsfull forskning som bidrar till förbättrad hälsa (Paula Di Santo Meztler)
Björn Andersson
Forskningshandledare och gruppledare inom statistik sedan 2019
I vilket projekt avser du använda stipendiet, och för vilket syfte?
—Projektet syftar till att identifiera blodbaserade biomarkörer som är kopplade till återkommande stroke, med fokus på isoformer av hemostatiska proteiner.
Proteinisoformer får allt större uppmärksamhet för sina viktiga och distinkta roller i biologiska mekanismer, och har kopplats till uppkomsten av olika sjukdomar. Vi har som hypotes att förändrat uttryck av hemostatiska proteinisoformer kan rubba balansen i det hemostatiska systemet mot trombos eller blödning, och därmed påverka benägenheten att drabbas av ischemisk stroke.
Jämfört med en första stroke har återkommande stroke högre dödlighet och större risk att orsaka funktionsnedsättning. Vårt mål är att uppnå detta genom att identifiera biomarkörer som kan hjälpa vården att hitta patienter som behöver mer omfattande insatser för att förebygga en andra stroke eller andra allvarliga hjärt- och kärlhändelser.
Gwenna Breton
Centrumkoordinator för bioinformatik vid Sahlgrenska universitetssjukhuset sedan 2022
I vilket projekt avser du använda stipendiet, och för vilket syfte?
—Jag är anställd vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset som bioinformatiker och sektionsledare för bioinformatikgruppen. En stor del av mitt arbete handlar om att underlätta samarbetet mellan klinisk verksamhet och forskningen vid universitetet. Sahlgrenska Universitetssjukhuset är den största användaren av BDC:s bioinformatiktjänster.
Jag kommer att använda bidraget till ett pilotprojekt tillsammans med forskare från Uppsala universitet. Vårt mål är att generera det första de novo-genomet från en Khoe-San jägare-samlare från Botswana med hjälp av “long read sequencing technology”, i syfte att rekonstruera människans historia. Dessutom kan vi komma att använda det genererade de novo-genomet som referens för denna population.
Projektet är en del av det pågående arbetet med att skapa de novo-genom och bygga pangenom, vilket förbättrar kvaliteten på genotypningen.
Drop-in varje torsdag
Forskare är välkomna till drop-in varje torsdag. Experter från BDC är tillgängliga för forskarnas frågeställningar. Platsen är SciLifeLab-kontoret på Medicinaregatan 3. Håll utkik i Medarbetarportalens kalendarium.
