Ilan Pappé har skrivit flera böcker om situationen i Palestina, som till exempel "Den etniska rensningen av Palestina" och "Kort historik över Israel-Palestina-konflikten". Hans senaste bok heter "Israel on the Brink. Eight Steps for a Better Future".
Ilan Pappé räknas till den grupp av israeliska historiker som under det sena 1980-talet framträdde som "de nya historikerna". "Nya" därför att de kom att ifrågasätta den etablerade israeliska historieskrivningen kring statens grundande, den palestinska fördrivningen (al-Nakba) och framväxten av den israelisk-palestinska konflikten. I många fall bekräftade de ståndpunkter som redan framförts av palestinska historiker och debattörer.
Parallellt med sin forskning har Pappé också verkat som aktivist och debattör då han agerat och argumenterat mot israelisk krigs- och ockupationspolitik. Här har han framträtt som en uttalad antisionist, och skeptiker till en tvåstatslösning.
Sedan 2007 är han bosatt i Storbritannien och verksam vid universitet i Exeter som föreståndare för dess Center för palestinska studier.
Den nya historieskrivningen hade både politiska och empiriska utgångspunkter. Israels brutala krigföring i Libanon 1982 inspirerade för första gången en stor fredsopinion i Israel. Från 1978 och framåt kom också en mindre del av de officiella israeliska dokumenten rörande åren 1948 och framåt att göras tillgängliga för forskning, efter att 30-åriga hemligstämplingar löpte ut (merparten av dokumentationen från denna tid är fortfarande hemlig efter mer än 75 år). Forskningen kunde visa att de nya källorna oftast bekräftade och förstärkte redan existerande uppgifter om en systematisk fördrivning av icke-judiska innevånare före, under och efter statens utropande 1948, från det som kom att bli Israel. Fördrivning som kom att drabba närmare 80% av de knappt 950 000 palestinier som då levde innanför den utropade statens gränser och skördade många tusen dödsoffer. Genom den säkerställdes statens judiska majoritet och tillgängliggjordes mark och naturresurser för judiska bosättningar.
Pappés bidrag till denna historieskrivning hittar man fram för allt i hans två tidiga böcker Britain and the Arab-Israeli Conflict, 1948–1951 (1988) och The Making of the Arab – Israeli Conflict, 1947–1951 (1992) samt i ett antal artiklar från samma tid. Det sammanfattas och utvecklas i senare syntetiska översiktsverk som de tidigare nämnda. The Ethnic Cleansing of Palestine (2006) och i A Very Short History of the Israel–Palestine Conflict (2024). Många av hans senare böcker och artiklar förenar Pappés roller som historiker och aktivist i debattinlägg; exempelvis Ten Myths About Israel (2017). Det gäller också hans senaste bok Israel on the Brink: Eight Steps for a Better Future (September 2025).