Hoppa till huvudinnehåll
Länkstig

Avancerad bioinformatik

Kurs
Avancerad nivå
15 högskolepoäng (hp)
Studietakt
100%
Undervisningstid
Dag
Studieort
Göteborg
Undervisningsform
Campus
Undervisningsspråk
Engelska
Start/slut
-
Ansökan öppen
-
Anmälningskod
GU-11050

Om utbildningen

Storskalig analys av biologiska data, exempelvis DNA- och proteinsekvenser, har blivit ett självklart inslag i biologisk forskning. Bioinformatik innebär att analysera biologiska data med hjälp av datorer och datorprogramvara.

Kursen Avancerad bioinformatik ger dig en ökad förståelse för hur du använder bioinformatiska metoder och algoritmer i olika typer av analyser och hur du presenterar data och resultat. Kursen ger dig även de nödvändiga färdigheterna för att kunna utföra storskaliga analyser, till exempel assemblering och annotering av genom, analys av genexpressionsdata och konstruerande av fylogenetiska träd. Du lär dig också enklare programmering i Linux/Unix.

Kursen består av fyra delmoment

1. Introduktion där du lär dig om

  • biologiska sekvenser: DNA, RNA, protein
  • genom/arvsmassa, olika typer av gener
  • evolution av sekvenser, homologi
  • fylogenetiska analyser
  • sekvensdatabaser
  • användning av bioinformatiska verktyg
  • algoritmer och modeller som ligger till grund för verktygen
  • Linux/Unix
  • att arbeta med kommandorad.

2. I det andra delmomentet lär du dig

  • hur du kan sätta ihop genom från korta sekvenser
  • vilka tekniker som finns idag
  • vilka för- och nackdelar de olika teknikerna har
  • olika dataformat.

3. Populationsgenomik och kvantitativ genomik, både teoretiskt och praktiskt.

4. I det sista delmomentet lär du dig mer om genexpressionsanalys, etik och hur databaser är konstruerade.

Behörigheter och urval

Förkunskapskrav

För tillträde till kursen krävs: Godkända baskurser i biologi 75 hp (BIO900 Cellbiologi, BIO905 Molekylär genetik, BIO910 Organismvärldens form och funktion , BIO915 Ekologi och evolution och BIO920 Biodiversitet och systematik) samt genomgången kemi 30 hp. Dessutom krävs minst en godkänd fördjupningskurs i biologi, 15 hp, inom relevant ämnesområde, kursen BIO210 Bioinformatik och funktionsgenomik rekommenderas, samt språkkunskaper motsvarande Engelska 6/Engelska B.

Urval

Högskolepoäng, max 225 hp.

För antagning till sommaren 2021 och framåt gäller följande urval: högskolepoäng, max 165 hp.

Rekommenderad studiegång

Efter studierna

Avancerad bioinformatik är en kurs i biologi på avancerad nivå och ingår i masterprogrammet genomik och systembiologi. Kursen kan även ingå i masterprogrammet i molekylärbiologi eller masterprogrammet i biologi. Du kan också läsa den som fristående kurs.

En stor del av kursen innebär praktiskt datorarbete med storskaliga dataset och databaser. Eftersom samhället i allt större utsträckning använder sig av datoranalyser och strukturering av storskaliga data, är dina kunskaper också användbara inom andra områden än biologi.

Studenter som har gått kursen tidigare har fortsatt sina studier på forskarnivå eller fått jobb inom biologisk och biomedicinsk forskning.

Så är det att plugga

Undervisningen

Kursen består av föreläsningar, grupparbeten och seminarier. Du utför även projektarbeten, individuellt eller i grupp, samt laborationer. Resultaten presenterar du muntligt eller skriftligt i form av labbrapporter. Du avslutar kursen med ett individuellt arbete med angivet ämne, där du använder bioinformatiska verktyg och databaser.

Lokaler

Du läser kursen på Campus Medicinareberget.