Hoppa till huvudinnehåll
Länkstig

Halfdan Rydbeck

Forskare

Sambio Core
Facilities
Besöksadress
Medicinaregatan 5
41390 Göteborg
Postadress
Box 413
40530 Göteborg

Om Halfdan Rydbeck

Jag bidrar till bioinformatikdelen av projekt som analyserar proteomikdata från plasmaprov från för tidigt födda barn. I ett sådant projekt analyseras longitudinell data med koncentrationer av plasmaproteiner tillsammans med data om volymer i olika hjärnregioner och med andra kliniska variabler. I ett annat tillämpas metoder för att identifiera biomarkörer för att hitta proteinkoncentrationer i navelsträngsblod som kan användas som ett mindre arbetskrävande och billigare sätt att fastställa stamcellskoncentrationen i blodet för att avgöra lämplighet för transplantation.

Analyserna inkluderar steg som normalisering, test för differentiellt uttryck, korrelationsnätverk och anrikningsanalyser. Algoritmerna och verktygen för dessa uppgifter är ännu inte mogna men utvecklas på årsbasis. Analyserna utförs i Rstudio där R-paketsamlingarna Bioconductor och Tidyverse andvänds för grundarbetet. Rapporter genereras med R-notebooks och R-paketet Bookdown. Github och GitKraken används för kodversionskontroll. Nyligen tillämpade R-paket är DEqMS för differentiell uttrycksanalys av masspektrometrodata, WGCNA för proteinkorrelationsanalys och ReactomeGSA för biologisk pathway analys.