SWEDNA - Swedish eDNA lab
Kort beskrivning
Välkommen till Swedish eDNA:s (SWEDNA) webbsida. SWEDNA är en forskargrupp finansierad av miljöforskningsanslag från Naturvårdsverket i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten.
De flesta organismer lämnar DNA-spår i omgivningen, så kallat e-DNA (environmental DNA). Idag har molekylärbiologin utvecklat så pass sofistikerade metoder att vi kan upptäcka de allra minsta delarna av sådana DNA-spår. Sådana diagnostikverktyg kan användas för att studera struktur och förändringar i biologiska samhällen, som tex skyddade habitat.
SWEDNA:s laboratorium kommer att skräddarsy miljödiagnostiska metoder baserad på e-DNA för tillämpning i akvatiska miljöer.
Välkommen till SWEDNA
Välkommen till Swedish eDNA:s (SWEDNA) webbsida. SWEDNA är en forskargrupp finansierad av miljöforskningsanslag från Naturvårdsverket i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten.
Du hittar en översikt över alla DNA-baserade forskningsprojekt på Naturvårdsverkets webbsida ”Forskning om DNA-metoder inom miljöövervakning”.
Referensgrupp
Sara Peilot (Vänerns vattenvårdsförbund)
Carin Nilsson (Medins Havs- och Vattenkonsulter AB)
Johanna Bergkvist (Marine Monitoring AB)
Patrik Bohman (SLU, Uppsala)
Malin Strand (SLU, Artdatabanken)
Cecilia Andersson (Stena Line Maritime Sector)
Erland Lettevall (Swedish Agency for Marine and Water Management)
Vacant (Swedish Environmental Protection Agency)
Sociala Medier
Vi finns på:
@mucofloris, #eDNA
Resultat
Exter K, Decruw C, Portier M, Gerovasileiou V, Pavloudi C, Obst M (2020) Genomics Observatory Use-Case: The challenge to standardise image and sequence data to Darwin Core format. Biodiversity Information Science and Standards 4: e58938
doi: 10.3897/biss.4.58938
Pavloudi, C.; Chrismas, N.; Troncoso, J.S.; Norkko, J.; Viard, F.; Mortelmans, J.; Mavric, B.; Gerovasileiou, V.; Arvanitidis, C.; Kotoulas, G.; Obst, M. (2019) Artificial Reef Monitoring Structures (ARMS) providing insights on the marine biodiversity and community structure. http://www.eurobis.org/imis?module=ref&refid=311999
Exeter K, Obst M, et al 2020. Genomics Observatory Use-Case: The challenge to standardise image and sequence data to Darwin Core format. TDWG 2020 conference. In review.
Kutti T, Johnsen IA, Skaar KS, Ray JL, Husa V and Dahlgren TG (2020) Quantification of eDNA to Map the Distribution of Cold-Water Coral Reefs. Front. Mar. Sci. 7:446. doi: 10.3389/fmars.2020.00446
Hestetun JT, …Dahlgren T (2020) Significant taxon sampling gaps in DNA databases limit the operational use of marine macrofauna metabarcoding. Marine Biodiversity 50:70 https://doi.org/10.1007/s12526-020-01093-5
Sundberg P, Liungman M (2019) Övervakning av flodpärlmussla med eDNA – en pilotstudie. Rapport till Länsstyrelsen i Jönköpings län. version 1.2. Projektnr. 3343.
Bohman P, Sundberg P, Klint M, Obst M (2018). Jakten på solabborren (Lepomis gibbosus) - en eDNA-studie i Kungsbackaån. Drottningholm Lysekil Öregrund: (NL, NJ). Department of Aquatic Resources, Sveriges lantbruksuniversitet. Aqua Reports 2018:21. https://pub.epsilon.slu.se/15801/
Sundberg, P., Obst, M., Bourlat, S., Bergkvist, J. & M. Magnusson, (2018). Utvärdering av ny övervakning av främmande arter. (Evaluation of new ways to monitor alien species). Swedish Agency for Marine and Water Management Report 2018:24 55 pp. https://www.havochvatten.se/hav/uppdrag--kontakt/publikationer/publikationer/2018-08-23-utvardering-av-ny-overvakning-av-frammande-arter.html
Sundberg, P., M. Berggren & T. Dahlgren (2017). Test av eDNA och ddPCR som metod för att upptäcka/övervaka invasiva främmande arter (IAS): svartmunnad smörbult och blåskrabba. Rapport till Havs- och vattenmyndigheten.
Sundberg, P., Q. Haenel & S. Bourlat (2016). Utvärdering av DNA-streckkodning och referensbibliotek för övervakning av invasiva främmande arter. Rapport till Havs- och vattenmyndigheten.
Medlemmar
Per Sundberg
Seniorforskare
Marina Panova
Forskare
Matthias Obst
Forskare
Thomas Dahlgren
Forskare
Alizz Axberg
Master student
Nauras Daraghmeh
ERASMUS+ Utbytesstudent
