Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Deep sequencing of liver … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Deep sequencing of liver explant transcriptomes reveals extensive expression from integrated hepatitis B virus DNA

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Johan Ringlander
Catarina Skoglund
Kasthuri Prakash
Maria Andersson
Simon B. Larsson
Ka-Wei Tang
Gustaf E Rydell
Sanna Abrahamsson
Maria Castedal
Helene Norder
Kristoffer Hellstrand
Magnus Lindh
Publicerad i Journal of Viral Hepatitis
Sidor 9
ISSN 1352-0504
Publiceringsår 2020
Publicerad vid Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för kirurgi
Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi
Core Facilities, Bioinformatics
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Institutionen för kliniska vetenskaper
Sidor 9
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1111/jvh.13356
Ämnesord HBsAg, HCC, hepatitis B virus, integration, transcriptome, surface-antigen, rna, reduction, alignment, disease, tissue, Gastroenterology & Hepatology, Infectious Diseases, Virology
Ämneskategorier Infektionsmedicin

Sammanfattning

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of hepatocellular carcinoma (HCC). Integration of HBV DNA into the human genome may contribute to oncogenesis and to the production of the hepatitis B surface antigen (HBsAg). Whether integrations contribute to HBsAg levels in the blood is poorly known. Here, we characterize the HBV RNA profile of HBV integrations in liver tissue in patients with chronic HBV infection, with or without concurrent hepatitis D infection, by transcriptome deep sequencing. Transcriptomes were determined in liver tissue by deep sequencing providing 200 million reads per sample. Integration points were identified using a bioinformatic pipeline. Explanted liver tissue from five patients with end-stage liver disease caused by HBV or HBV/HDV was studied along with publicly available transcriptomes from 21 patients. Almost all HBV RNA profiles were devoid of reads in the core and the 3 ' redundancy (nt 1830-1927) regions, and contained a large number of chimeric viral/human reads. Hence, HBV transcripts from integrated HBV DNA rather than from covalently closed circular HBV DNA (cccDNA) predominated in late-stage HBV infection, in particular in cases with hepatitis D virus co-infection. The findings support the suggestion that integrated HBV DNA can be a significant source of HBsAg in humans.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?