Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Whole-Genome Sequencing R… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Whole-Genome Sequencing Redefines Shewanella Taxonomy

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Kaisa Thorell
J. P. Meier-Kolthoff
A. Sjoling
A. J. Martin-Rodriguez
Publicerad i Frontiers in Microbiology
Volym 10
ISSN 1664-302X
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.3389/fmicb.2019.01861
Ämnesord phylogenomics, GBDP, digital DDH, species delineation, taxonomic revision, comparative genomics, DNA-DNA hybridization, ad-hoc-committee, sp-nov., genus shewanella, marine fish, sp. nov., bacterium, sea, deep, reclassification, Microbiology, x ge, 1992, international journal of systematic bacteriology, v42, p166
Ämneskategorier Mikrobiologi inom det medicinska området

Sammanfattning

The genus Shewanella encompasses a diverse group of Gram negative, primarily aquatic bacteria with a remarkable ecological relevance, an outstanding set of metabolic features and an emergent clinical importance. The rapid expansion of the genus over the 2000 s has prompted questions on the real taxonomic position of some isolates and species. Recent work by us and others identified inconsistencies in the existing species classification. In this study we aimed to clarify such issues across the entire genus, making use of the genomic information publicly available worldwide. Phylogenomic analyses, including comparisons based on genome-wide identity indexes (digital DNA-DNA hybridization and Average Nucleotide Identity) combined with core and accessory genome content evaluation suggested that the taxonomic position of 64 of the 131 analyzed strains should be revisited. Based on the genomic information currently available, emended descriptions for some Shewanella species are proposed. Our study establishes for the first time a whole-genome based phylogeny for Shewanella spp. including a classification at the subspecific level.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?