Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Towards a standardized bi… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Towards a standardized bioinformatics infrastructure for N- and O-glycomics

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Miguel A. Rojas-Macias
J. Mariethoz
Peter Andersson
Chunsheng Jin
Vignes Venkatakrishnan
N. P. Aoki
D. Shinmachi
C. Ashwood
K. Madunic
T. Zhang
R. L. Miller
O. Horlacher
W. B. Struwe
Y. Watanabe
S. Okuda
F. Levander
D. Kolarich
P. M. Rudd
M. Wuhrer
C. Kettner
N. H. Packer
K. F. Aoki-Kinoshita
F. Lisacek
N. G. Karlsson
Publicerad i Nature Communications
Volym 10
ISSN 2041-1723
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1038/s41467-019-11131...
Ämnesord mass-spectrometry, minimum information, quantitative glycomics, unicarb-db, proteomics, database, glycosylation, glycans, disease, platform, Science & Technology - Other Topics
Ämneskategorier Biokemi och molekylärbiologi

Sammanfattning

The mass spectrometry (MS)-based analysis of free polysaccharides and glycans released from proteins, lipids and proteoglycans increasingly relies on databases and software. Here, we review progress in the bioinformatics analysis of protein-released N- and O-linked glycans (N-and O-glycomics) and propose an e-infrastructure to overcome current deficits in data and experimental transparency. This workflow enables the standardized submission of MS-based glycomics information into the public repository UniCarb-DR. It implements the MIRAGE (Minimum Requirement for A Glycomics Experiment) reporting guidelines, storage of unprocessed MS data in the GlycoPOST repository and glycan structure registration using the GlyTouCan registry, thereby supporting the development and extension of a glycan structure knowledgebase.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?