Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

A loop-counting method fo… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

A loop-counting method for covariate-corrected low-rank biclustering of gene-expression and genome-wide association study data.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Aaditya V Rangan
Caroline C McGrouther
John Kelsoe
Nicholas Schork
Eli Stahl
Qian Zhu
Arjun Krishnan
Vicky Yao
Olga Troyanskaya
Seda Bilaloglu
Preeti Raghavan
Sarah Bergen
Anders Jureus
Mikael Landén
Publicerad i PLoS computational biology
Volym 14
Nummer/häfte 5
Sidor e1006105
ISSN 1553-7358
Publiceringsår 2018
Publicerad vid Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi
Sidor e1006105
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.100...
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämneskategorier Psykiatri

Sammanfattning

A common goal in data-analysis is to sift through a large data-matrix and detect any significant submatrices (i.e., biclusters) that have a low numerical rank. We present a simple algorithm for tackling this biclustering problem. Our algorithm accumulates information about 2-by-2 submatrices (i.e., 'loops') within the data-matrix, and focuses on rows and columns of the data-matrix that participate in an abundance of low-rank loops. We demonstrate, through analysis and numerical-experiments, that this loop-counting method performs well in a variety of scenarios, outperforming simple spectral methods in many situations of interest. Another important feature of our method is that it can easily be modified to account for aspects of experimental design which commonly arise in practice. For example, our algorithm can be modified to correct for controls, categorical- and continuous-covariates, as well as sparsity within the data. We demonstrate these practical features with two examples; the first drawn from gene-expression analysis and the second drawn from a much larger genome-wide-association-study (GWAS).

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?