Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Strategies for Taxonomic … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Strategies for Taxonomic and Functional Annotation of Metagenomes

Kapitel i bok
Författare Johan Bengtsson-Palme
Publicerad i Metagenomics: Perspectives, Methods, and Applications. Muniyandi Nagarajan (red.)
Sidor 55–79
ISBN 9780081022689
Förlag Academic Press, Elsevier
Förlagsort USA
Publiceringsår 2018
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning
Sidor 55–79
Språk en
Länkar https://doi.org/10.1016/B978-0-08-1...
Ämnesord Annotation; Annotation pipelines; Diversity; Ecosystem processes; Functional analysis; Metagenomic analysis strategies; Metagenomic assembly; Statistical methods for metagenomics; Taxonomic classification
Ämneskategorier Bioinformatik (beräkningsbiologi), Statistik, data- och systemvetenskap, Ekologi, Mikrobiologi

Sammanfattning

Recent advancements in DNA sequencing capacity have resulted in a flood of metagenomic data being generated, together with a myriad of computational tools for metagenomic analysis. Selecting the right tools in this jungle of options can be hard, particularly as new developments are presented almost daily. This chapter provides an overview of recent software for metagenomic analysis, discussing different strategies to perform taxonomic classification, functional analysis, metagenomic assembly, and statistical comparisons between metagenomes. The chapter also considers the use of automated computational “pipelines” for analysis of metagenomic data and highlights their pros and cons in comparison to running the analyses one by one. Currently, it is hard to point out any tools that obviously perform better in every situation, but there are certain analysis strategies that clearly should be avoided. Those are highlighted in this chapter, and instead robust and well-functioning software tools that can be used are suggested.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?