Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

FocalScan: Scanning for a… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

FocalScan: Scanning for altered genes in cancer based on coordinated DNA and RNA change.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Joakim Karlsson
Erik Larsson
Publicerad i Nucleic acids research
Volym 44
Nummer/häfte 19
Sidor e150
ISSN 1362-4962
Publiceringsår 2016
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi
Sidor e150
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1093/nar/gkw674
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämneskategorier Cancer och onkologi, Medicinsk genetik, Bioinformatik och systembiologi

Sammanfattning

Somatic genomic copy-number alterations can lead to transcriptional activation or inactivation of tumor driver or suppressor genes, contributing to the malignant properties of cancer cells. Selection for such events may manifest as recurrent amplifications or deletions of size-limited (focal) regions. While methods have been developed to identify such focal regions, finding the exact targeted genes remains a challenge. Algorithms are also available that integrate copy number and RNA expression data, to aid in identifying individual targeted genes, but specificity is lacking. Here, we describe FocalScan, a tool designed to simultaneously uncover patterns of focal copy number alteration and coordinated expression change, thus combining both principles. The method outputs a ranking of tentative cancer drivers or suppressors. FocalScan works with RNA-seq data, and unlike other tools it can scan the genome unaided by a gene annotation, enabling identification of novel putatively functional elements including lncRNAs. Application on a breast cancer data set suggests considerably better performance than other DNA/RNA integration tools.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?