Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

All-atom/coarse-grained h… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

All-atom/coarse-grained hybrid predictions of distribution coefficients in SAMPL5

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Samuel Genheden
Jonathan W. Essex
Publicerad i Journal of Computer-Aided Molecular Design
Volym 30
Nummer/häfte 11
Sidor 969-976
ISSN 0920-654X
Publiceringsår 2016
Publicerad vid Institutionen för kemi och molekylärbiologi
Sidor 969-976
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1007/s10822-016-9926-...
Ämnesord Distribution coefficients, Multiscaling, Hybrid model, AA/CG, Elba, SAMPL5
Ämneskategorier Teoretisk kemi

Sammanfattning

We present blind predictions submitted to the SAMPL5 challenge on calculating distribution coefficients. The predictions were based on estimating the solvation free energies in water and cyclohexane of the 53 compounds in the challenge. These free energies were computed using alchemical free energy simulations based on a hybrid all-atom/coarse-grained model. The compounds were treated with the general Amber force field, whereas the solvent molecules were treated with the Elba coarse-grained model. Considering the simplicity of the solvent model and that we approximate the distribution coefficient with the partition coefficient of the neutral species, the predictions are of good accuracy. The correlation coefficient, R is 0.64, 82 % of the predictions have the correct sign and the mean absolute deviation is 1.8 log units. This is on a par with or better than the other simulation-based predictions in the challenge. We present an analysis of the deviations to experiments and compare the predictions to another submission that used all-atom solvent.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?