Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

SugarBindDB, a resource o… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

SugarBindDB, a resource of glycan-mediated host-pathogen interactions.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Julien Mariethoz
Khaled Khatib
Davide Alocci
Matthew P Campbell
Niclas G. Karlsson
Nicolle H Packer
Elaine H Mullen
Frederique Lisacek
Publicerad i Nucleic acids research
Volym 44
Nummer/häfte D1
Sidor D1243-D1250
ISSN 1362-4962
Publiceringsår 2016
Publicerad vid Institutionen för biomedicin
Sidor D1243-D1250
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1093/nar/gkv1247
Ämneskategorier Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sammanfattning

The SugarBind Database (SugarBindDB) covers knowledge of glycan binding of human pathogen lectins and adhesins. It is a curated database; each glycan-protein binding pair is associated with at least one published reference. The core data element of SugarBindDB is a set of three inseparable components: the pathogenic agent, a lectin/adhesin and a glycan ligand. Each entity (agent, lectin or ligand) is described by a range of properties that are summarized in an entity-dedicated page. Several search, navigation and visualisation tools are implemented to investigate the functional role of glycans in pathogen binding. The database is cross-linked to protein and glycan-relaled resources such as UniProtKB and UniCarbKB. It is tightly bound to the latter via a substructure search tool that maps each ligand to full structures where it occurs. Thus, a glycan-lectin binding pair of SugarBindDB can lead to the identification of a glycan-mediated protein-protein interaction, that is, a lectin-glycoprotein interaction, via substructure search and the knowledge of site-specific glycosylation stored in UniCarbKB. SugarBindDB is accessible at: http://sugarbind.expasy.org.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?