Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Integrative genomics with… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Integrative genomics with mediation analysis in a survival context.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Szilard Nemes
Toshima Z Parris
Anna Danielsson
Zakaria Einbeigi
Gunnar Steineck
Junmei Miao Jonasson
Khalil Helou
Publicerad i Computational and mathematical methods in medicine
Volym 2013
Sidor 413783
ISSN 1748-6718
Publiceringsår 2013
Publicerad vid Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi
Sidor 413783
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1155/2013/413783
Ämneskategorier Klinisk medicin

Sammanfattning

DNA copy number aberrations (DCNA) and subsequent altered gene expression profiles may have a major impact on tumor initiation, on development, and eventually on recurrence and cancer-specific mortality. However, most methods employed in integrative genomic analysis of the two biological levels, DNA and RNA, do not consider survival time. In the present note, we propose the adoption of a survival analysis-based framework for the integrative analysis of DCNA and mRNA levels to reveal their implication on patient clinical outcome with the prerequisite that the effect of DCNA on survival is mediated by mRNA levels. The specific aim of the paper is to offer a feasible framework to test the DCNA-mRNA-survival pathway. We provide statistical inference algorithms for mediation based on asymptotic results. Furthermore, we illustrate the applicability of the method in an integrative genomic analysis setting by using a breast cancer data set consisting of 141 invasive breast tumors. In addition, we provide implementation in R.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?