Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

The Littorina Sequence Da… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

The Littorina Sequence Database (LSD) – an online resource for genomic data.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Björn Canbäck
Carl André
Juan Galindo
Kerstin Johannesson
Tomas Johansson
Marina Panova
Anders Tunlid
Roger Butlin
Publicerad i Molecular Ecology Resources
Volym 12
Nummer/häfte 1
Sidor 142-148
ISSN 1755-0998
Publiceringsår 2012
Publicerad vid Linnécentrum för marin evolutionsbiologi (CEMEB)
Institutionen för biologi och miljövetenskap
Sidor 142-148
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011...
Ämnesord ecotype; EST database; Littorina saxatilis; model organism; speciation
Ämneskategorier Biologiska vetenskaper

Sammanfattning

We present an interactive, searchable expressed sequence tag database for the periwinkle snail Littorina saxatilis, an upcoming model species in evolutionary biology. The database is the result of a hybrid assembly between Sanger and 454 sequences, 1290 and 147 491 sequences respectively. Normalized and non-normalized cDNA was obtained from different ecotypes of L. saxatilis collected in the UK and Sweden. The Littorina sequence database (LSD) contains 26 537 different contigs, of which 2453 showed similarity with annotated proteins in UniProt. Querying the LSD permits the selection of the taxonomic origin of blast hits for each contig, and the search can be restricted to particular taxonomic groups. The database allows access to UniProt annotations, blast output, protein family domains (PFAM) and Gene Ontology. The database will allow users to search for genetic markers and identifying candidate genes or genes for expression analyses. It is open for additional deposition of sequence information for L. saxatilis and other species of the genus Littorina. The LSD is available at http://mbio-serv2.mbioekol.lu.se/Littorina/

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?