Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Metaxa: Automated detecti… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Metaxa: Automated detection and discrimination among ribosomal small subunit (12S/16S/18S) sequences of archaea, bacteria, eukaryotes, mitochondria, and chloroplasts

Poster (konferens)
Författare Johan Bengtsson
Karl Martin Eriksson
Martin Hartmann
Zheng Wang
Belle D Shenoy
G Grelet
Kessy Abarenkov
Anna Petri
Magnus Alm Rosenblad
R. Henrik Nilsson
Publicerad i SocBiN Bioinformatics Conference, Helsinki, Finland, 2011
Publiceringsår 2011
Publicerad vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi
Institutionen för växt- och miljövetenskaper
Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi
Språk en
Ämnesord rRNA extraction, SSU extraction, 16S extraction, taxonomic assignment
Ämneskategorier Mikrobiologi, Bioinformatik och systembiologi

Sammanfattning

The ribosomal small subunit (SSU) rRNA gene has emerged as an important genetic marker for taxonomic identification in environmental sequencing datasets. However, the gene is not only present in the nuclear genome of eukaryotes and the core genome of prokaryotes, but also in the mitochondria and chloroplasts of eukaryotes. The SSU genes in the core genome, mitochondria and chloroplast are conceptually paralogous and should in most situations not be aligned and analyzed jointly, e.g. when estimating species diversity. Identifying the origin of SSU sequences in complex sequence datasets is a time-consuming and largely manual undertaking. To ease this situation, we have created Metaxa, an automated software tool to extract full-length and partial SSU sequences from larger sequence datasets and assign them to an archaeal, bacte- rial, nuclear eukaryote, mitochondrial, or chloroplast origin. Metaxa very efficiently detects SSU sequences from fragments as short as 200 base pairs, and correctly classifies 97% of the identified genes at read lengths typically obtained from pyrosequencing. In addition, Metaxa shows a false positive rate of 0.00012% when run on random DNA fragments, showing the robustness of the method. We believe that this tool will be useful in microbial and evolutionary ecology as well as in metagenomics.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?