Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Detection of RNA-DNA bind… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Detection of RNA-DNA binding sites in long noncoding RNAs.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Chao-Chung Kuo
Sonja Hänzelmann
Nevcin Sentürk Cetin
Stefan Frank
Barna Zajzon
Jens-Peter Derks
Vijay Suresh Akhade
Gaurav Ahuja
Chandrasekhar Kanduri
Ingrid Grummt
Leo Kurian
Ivan G Costa
Publicerad i Nucleic acids research
Volym 47
Nummer/häfte 6
ISSN 1362-4962
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1093/nar/gkz037
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämneskategorier Biokemi och molekylärbiologi

Sammanfattning

Long non-coding RNAs (lncRNAs) can act as scaffolds that promote the interaction of proteins, RNA, and DNA. There is increasing evidence of sequence-specific interactions of lncRNAs with DNA via triple-helix (triplex) formation. This process allows lncRNAs to recruit protein complexes to specific genomic regions and regulate gene expression. Here we propose a computational method called Triplex Domain Finder (TDF) to detect triplexes and characterize DNA-binding domains and DNA targets statistically. Case studies showed that this approach can detect the known domains of lncRNAs Fendrr, HOTAIR and MEG3. Moreover, we validated a novel DNA-binding domain in MEG3 by a genome-wide sequencing method. We used TDF to perform a systematic analysis of the triplex-forming potential of lncRNAs relevant to human cardiac differentiation. We demonstrated that the lncRNA with the highest triplex-forming potential, GATA6-AS, forms triple helices in the promoter of genes relevant to cardiac development. Moreover, down-regulation of GATA6-AS impairs GATA6 expression and cardiac development. These data indicate the unique ability of our computational tool to identify novel triplex-forming lncRNAs and their target genes.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?