Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Metaxa2 Database Builder:… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Metaxa2 Database Builder: enabling taxonomic identification from metagenomic or metabarcoding data using any genetic marker

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Johan Bengtsson-Palme
Rodney T Richardson
Marco Meola
Christian Wurzbacher
Émilie D Tremblay
Kärt Kanger
Guillaume J Bilodeau
Reed M Johnson
Martin Hartmann
R. Henrik Nilsson
Publicerad i Bioinformatics (Oxford, England)
Volym 34
Nummer/häfte 23
Sidor 4027–4033
ISSN 1367-4811
Publiceringsår 2018
Publicerad vid Institutionen för biologi och miljövetenskap
CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Sidor 4027–4033
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/b...
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämnesord Metabarcoding ; 16S ; 18S ; ITS ; database builder ; sof
Ämneskategorier Bioinformatik (beräkningsbiologi), Mikrobiologi, Botanik, Zoologi, Bioinformatik och systembiologi, Ekologi, Biologisk systematik, Mikrobiologi inom det medicinska området, Mikrobiologi

Sammanfattning

Correct taxonomic identification of DNA sequences is central to studies of biodiversity using both shotgun metagenomic and metabarcoding approaches. However, no genetic marker gives sufficient performance across all the biological kingdoms, hampering studies of taxonomic diversity in many groups of organisms. This has led to the adoption of a range of genetic markers for DNA metabarcoding. While many taxonomic classification software tools can be re-trained on these genetic markers, they are often designed with assumptions that impair their utility on genes other than the SSU and LSU rRNA. Here, we present an update to Metaxa2 that enables the use of any genetic marker for taxonomic classification of metagenome and amplicon sequence data.We evaluated the Metaxa2 Database Builder on eleven commonly used barcoding regions and found that while there are wide differences in performance between different genetic markers, our software performs satisfactorily provided that the input taxonomy and sequence data are of high quality.Freely available on the web as part of the Metaxa2 package at http://microbiology.se/software/metaxa2/.Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?