Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Great differences in perf… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Great differences in performance and outcome of high-throughput sequencing data analysis platforms for fungal metabarcoding

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Sten Anslan
R. Henrik Nilsson
Christian Wurzbacher
Petr Baldrian
Leho Tedersoo
Mohammad Bahram
Publicerad i MycoKeys
Volym 39
Sidor 29-40
ISSN 1314-4057
Publiceringsår 2018
Publicerad vid Institutionen för biologi och miljövetenskap
Sidor 29-40
Språk en
Länkar https://mycokeys.pensoft.net/articl...
Ämnesord Amplicon sequencing, Fungal biodiversity, Metagenomics, Microbial communities, Microbiome, Mycobiome
Ämneskategorier Bioinformatik (beräkningsbiologi), Mikrobiologi, Botanik, Bioinformatik och systembiologi, Biologisk systematik, Annan naturvetenskap, Funktionsgenomik

Sammanfattning

Along with recent developments in high-throughput sequencing (HTS) technologies and thus fast accumulation of HTS data, there has been a growing need and interest for developing tools for HTS data processing and communication. In particular, a number of bioinformatics tools have been designed for analysing metabarcoding data, each with specific features, assumptions and outputs. To evaluate the potential effect of the application of different bioinformatics workflow on the results, we compared the performance of different analysis platforms on two contrasting high-throughput sequencing data sets. Our analysis revealed that the computation time, quality of error filtering and hence output of specific bioinformatics process largely depends on the platform used. Our results show that none of the bioinformatics workflows appears to perfectly filter out the accumulated errors and generate Operational Taxonomic Units, although PipeCraft, LotuS and PIPITS perform better than QIIME2 and Galaxy for the tested fungal amplicon dataset. We conclude that the output of each platform requires manual validation of the OTUs by examining the taxonomy assignment values.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?