Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Using metagenomics to inv… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Using metagenomics to investigate human and environmental resistomes.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Johan Bengtsson-Palme
D. G. Joakim Larsson
Erik Kristiansson
Publicerad i The Journal of antimicrobial chemotherapy
Volym 72
Nummer/häfte 10
Sidor 2690-2703
ISSN 1460-2091
Publiceringsår 2017
Publicerad vid Institutionen för matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistik
CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Sidor 2690-2703
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1093/jac/dkx199
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämnesord antibiotic resistance, risk assessment, sequence analysis, metagenomics, resistance genes
Ämneskategorier Bakteriologi, Medicinsk mikrobiologi, Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sammanfattning

Antibiotic resistance is a global health concern declared by the WHO as one of the largest threats to modern healthcare. In recent years, metagenomic DNA sequencing has started to be applied as a tool to study antibiotic resistance in different environments, including the human microbiota. However, a multitude of methods exist for metagenomic data analysis, and not all methods are suitable for the investigation of resistance genes, particularly if the desired outcome is an assessment of risks to human health. In this review, we outline the current state of methods for sequence handling, mapping to databases of resistance genes, statistical analysis and metagenomic assembly. In addition, we provide an overview of important considerations related to the analysis of resistance genes, and recommend some of the currently used tools and methods that are best equipped to inform research and clinical practice related to antibiotic resistance.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?