Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Evaluating and Optimizing… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Evaluating and Optimizing the Performance of Software Commonly Used for the Taxonomic Classification of DNA Sequence Data

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Rodney T Richardson
Johan Bengtsson-Palme
Reed M Johnson
Publicerad i Molecular Ecology Resources
Volym 17
Nummer/häfte 4
Sidor 760–769
ISSN 1755-098X
Publiceringsår 2017
Publicerad vid CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Sidor 760–769
Språk en
Länkar doi.org/10.1111/1755-0998.12628
Ämnesord RTAX, UTAX, DNA Barcoding, DNA Metabarcoding, RDP Naïve Bayesian Classifier, Taxonomic Assignment
Ämneskategorier Bioinformatik och systembiologi, Biologisk systematik

Sammanfattning

The taxonomic classification of DNA sequences has become a critical component of numerous ecological research applications; however, few studies have evaluated the strengths and weaknesses of commonly used sequence classification approaches. Further, the methods and software available for sequence classification are diverse, creating an environment in which it may be difficult to determine the best course of action and the tradeoffs made using different classification approaches. Here, we provide an in silico evaluation of three DNA sequence classifiers, the RDP Naïve Bayesian Classifier, RTAX and UTAX. Further, we discuss the results, merits and limitations of both the classifiers and our method of classifier evaluation. Our methods of comparison are simple, yet robust, and will provide researchers a methodological and conceptual foundation for making such evaluations in a variety of research situations. Generally, we found a considerable trade-off between accuracy and sensitivity for the classifiers tested, indicating a need for further improvement of sequence classification tools.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?