Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Scan-o-matic: High-Resolu… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Scan-o-matic: High-Resolution Microbial Phenomics at a Massive Scale

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Martin Zackrisson
Johan Hallin
Lars-Göran Ottosson
Peter Dahl
Esteban Fernandez-Parada
Erik Ländström
Luciano Fernandez-Ricaud
Petra Kaferle
Andreas Skyman
Simon Stenberg
Stig Omholt
Uros Petrovic
Jonas Warringer
Anders Blomberg
Publicerad i G3: Genes, Genomes, Genetics
Volym 6
Nummer/häfte 9
Sidor 3003-3014
ISSN 2160-1836
Publiceringsår 2016
Publicerad vid Institutionen för marina vetenskaper
Institutionen för kemi och molekylärbiologi
Sidor 3003-3014
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1534/g3.116.032342
www.g3journal.org/content/6/9/3003....
Ämnesord phenomics, micro biology, genetics, high throughput, mutant, screening, open source
Ämneskategorier Bioanalytisk teknik, Bioteknisk apparatteknik, Genetik, Mikrobiologi, Funktionsgenomik

Sammanfattning

The capacity to map traits over large cohorts of individuals—phenomics—lags far behind the explosive development in genomics. For microbes, the estimation of growth is the key phenotype because of its link to fitness. We introduce an automated microbial phenomics framework that delivers accurate, precise, and highly resolved growth phenotypes at an unprecedented scale. Advancements were achieved through the introduction of transmissive scanning hardware and software technology, frequent acquisition of exact colony population size measurements, extraction of population growth rates from growth curves, and removal of spatial bias by reference-surface normalization. Our prototype arrangement automatically records and analyzes close to 100,000 growth curves in parallel. We demonstrate the power of the approach by extending and nuancing the known salt-defense biology in baker’s yeast. The introduced framework represents a major advance in microbial phenomics by providing high-quality data for extensive cohorts of individuals and generating well-populated and standardized phenomics databases

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?