Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän

Strategies to improve usa… - Göteborgs universitet Till startsida
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Strategies to improve usability and preserve accuracy in biological sequence databases

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Johan Bengtsson-Palme
Fredrik Boulund
Robert Edström
Amir Feizi
Anna Johnning
Viktor Jonsson
Fredrik H. Karlsson
Chandan Pal
Mariana Buongermino Pereira
Anna Rehammar
José Sánchez
Kemal Sanli
Kaisa Thorell
Publicerad i Proteomics
Volym 16
Nummer/häfte 18
Sidor 2454–2460
ISSN 1615-9853
Publiceringsår 2016
Publicerad vid Institutionen för matematiska vetenskaper
Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik
Institutionen för biomedicin
Institutionen för biologi och miljövetenskap
Core Facilities, Bioinformatics
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Sidor 2454–2460
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1002/pmic.201600034
Ämnesord Annotation, Databases, Functional prediction, Sequencing, Standards
Ämneskategorier Databaser, Bioinformatik och systembiologi, Funktionsgenomik


Biology is increasingly dependent on large-scale analysis, such as proteomics, creating a requirement for efficient bioinformatics. Bioinformatic predictions of biological functions rely upon correctly annotated database sequences, and the presence of inaccurately annotated or otherwise poorly described sequences introduces noise and bias to biological analyses. Accurate annotations are, for example, pivotal for correct identifications of polypeptide fragments. However, standards for how sequence databases are organized and presented are currently insufficient. Here, we propose five strategies to address fundamental issues in the annotation of sequence databases: (i) to clearly separate experimentally verified and unverified sequence entries; (ii) to enable a system for tracing the origins of annotations; (iii) to separate entries with high-quality, informative annotation from less useful ones; (iv) to integrate automated quality-control software whenever such tools exist; and (v) to facilitate post-submission editing of annotations and metadata associated with sequences. We believe that implementation of these strategies, for example as requirements for publication of database papers, would enable biology to better take advantage of large-scale data.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?