Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

The Impact of Interchain … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

The Impact of Interchain Hydrogen Bonding on b-Hairpin Stability is Readily Predicted by Molecular Dynamics Simulation

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Stephan Niebling
Emma Danelius
Ulrika Brath
Sebastian Westenhoff
Mate Erdelyi
Publicerad i Peptide Science
Volym 104
Nummer/häfte 6
Sidor 703-706
ISSN 1097-0282
Publiceringsår 2015
Publicerad vid Institutionen för kemi och molekylärbiologi
Sidor 703-706
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1002/bip.22671
Ämnesord peptid, hairpin, folding, molecular dynamics, hydrogen bond, conformation
Ämneskategorier Organisk kemi, Läkemedelskemi, Kemi

Sammanfattning

Peptides are frequently used model systems for protein folding. They are also gaining increased importance as therapeutics. Here, the ability of molecular dynamics (MD) simulation for describing the structure and dynamics of β-hairpin peptides was investigated, with special attention given to the impact of a single interstrand sidechain to sidechain interaction. The MD trajectories were compared to structural information gained from solution NMR. By assigning frames from restraint-free MD simulations to an intuitive hydrogen bond on/off pattern, folding ratios and folding pathways were predicted. The computed molecular model successfully reproduces the folding ratios determined by NMR, indicating that MD simulation may be straightforwardly used as a screening tool in β-hairpin design.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?