Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Metagenomic Sequencing of… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Kemal Sanli
Johan Bengtsson-Palme
R. Henrik Nilsson
Erik Kristiansson
Magnus Alm Rosenblad
Hans Blanck
Karl Martin Eriksson
Publicerad i Frontiers in Microbiology
Volym 6
Nummer/häfte 1192
ISSN 1664-302X
Publiceringsår 2015
Publicerad vid Institutionen för marina vetenskaper
Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik
Institutionen för biologi och miljövetenskap
Institutionen för kemi och molekylärbiologi
Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.3389/fmicb.2015.01192
Ämnesord Shotgun metagenomics, microbial ecology, Marine biofilms, Biofouling, next generation sequencing, Shotgun sequencing, Biodiversity, pathway analysis
Ämneskategorier Databaser, Databehandling, Bioinformatik (beräkningsbiologi), Miljövetenskap, Oceanografi, Vatten i natur och samhälle, Biokemi och molekylärbiologi, Cellbiologi, Mikrobiologi, Botanik, Zoologi, Bioinformatik och systembiologi, Marin ekologi, Biologisk systematik, Funktionsgenomik, Annan naturvetenskap, Farkostteknik, Miljöbioteknik, Fisk- och akvakulturforskning, Bioteknologi med applikationer på växter och djur

Sammanfattning

Periphyton communities are complex phototrophic, multispecies biofilms that develop on surfaces in aquatic environments. These communities harbor a large diversity of organisms comprising viruses, bacteria, algae, fungi, protozoans and metazoans. However, thus far the total biodiversity of periphyton has not been described. In this study, we use metagenomics to characterize periphyton communities from the marine environment of the Swedish west coast. Although we found approximately ten times more eukaryotic rRNA marker gene sequences compared to prokaryotic, the whole metagenome-based similarity searches showed that bacteria constitute the most abundant phyla in these biofilms. We show that marine periphyton encompass a range of heterotrophic and phototrophic organisms. Heterotrophic bacteria, including the majority of proteobacterial clades and Bacteroidetes, and eukaryotic macro-invertebrates were found to dominate periphyton. The phototrophic groups comprise Cyanobacteria and the alpha-proteobacterial genus Roseobacter, followed by different micro- and macro-algae. We also assess the metabolic pathways that predispose these communities to an attached lifestyle. Functional indicators of the biofilm form of life in periphyton involve genes coding for enzymes that catalyze the production and degradation of extracellular polymeric substances, mainly in the form of complex sugars such as starch and glycogen-like meshes together with chitin. Genes for 278 different transporter proteins were detected in the metagenome, constituting the most abundant protein complexes. Finally, genes encoding enzymes that participate in anaerobic pathways, such as denitrification and methanogenesis, were detected suggesting the presence of anaerobic or low-oxygen micro-zones within the biofilms.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?