Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Assignment of Saccharide … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Assignment of Saccharide Identities through Analysis of Oxonium Ion Fragmentation Profiles in LC-MS/MS of Glycopeptides.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Adnan Halim
Ulrika Westerlind
Christian Pett
Manuel Schorlemer
Ulla Rüetschi
Gunnar Brinkmalm
Carina Sihlbom
Johan Lengqvist
Göran Larson
Jonas Nilsson
Publicerad i Journal of proteome research
Volym 13
Nummer/häfte 12
Sidor 6024-32
ISSN 1535-3907
Publiceringsår 2014
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för klinisk kemi och transfusionsmedicin
Core Facilities, Proteomics
Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för psykiatri och neurokemi
Sidor 6024-32
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1021/pr500898r
Ämnesord glycobiology, mass spectrometry, oxonium ions
Ämneskategorier Analytisk kemi, Bioorganisk kemi, Kemi, Klinisk laboratoriemedicin

Sammanfattning

Protein glycosylation plays critical roles in the regulation of diverse biological processes, and determination of glycan structure-function relationships is important to better understand these events. However, characterization of glycan and glycopeptide structural isomers remains challenging and often relies on biosynthetic pathways being conserved. In glycoproteomic analysis with liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) using collision-induced dissociation (CID), saccharide oxonium ions containing N-acetylhexosamine (HexNAc) residues are prominent. Through analysis of beam-type CID spectra and ion trap CID spectra of synthetic and natively derived N- and O-glycopeptides, we found that the fragmentation patterns of oxonium ions characteristically differ between glycopeptides terminally substituted with GalNAcα1-O-, GlcNAcβ1-O-, Galβ3GalNAcα1-O-, Galβ4GlcNAcβ-O-, and Galβ3GlcNAcβ-O- structures. The difference in the oxonium ion fragmentation profiles of such glycopeptides may thus be used to distinguish among these glycan structures and could be of importance in LC-MS/MS-based glycoproteomic studies.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?