Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Fungal community analysis… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers – a user's guide

Forskningsöversiktsartikel
Författare Björn D. Lindahl
R. Henrik Nilsson
Leho Tedersoo
Kessy Abarenkov
Tor Carlsen
Rasmus Kjøller
Urmas Kõljalg
Taina Pennanen
Søren Rosendahl
Jan Stenlid
Håvard Kauserud
Publicerad i New Phytologist
Volym 199
Nummer/häfte 1
Sidor 288-299
ISSN 0028-646X
Publiceringsår 2013
Publicerad vid Institutionen för biologi och miljövetenskap
Sidor 288-299
Språk en
Länkar onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111...
Ämnesord 454-pyrosequencing; bioinformatics; barcoding; environmental sequencing; internal transcribed spacer (ITS) region; PCR
Ämneskategorier Mikrobiologi, Botanik, Bioinformatik och systembiologi, Terrestrisk ekologi, Biologisk systematik, Medicinsk mikrobiologi, Markbiologi

Sammanfattning

* Novel high-throughput sequencing methods outperform earlier approaches in terms of resolution and magnitude. They enable identification and relative quantification of community members and offer new insights into fungal community ecology. These methods are currently taking over as the primary tool to assess fungal communities of plant-associated endophytes, pathogens, and mycorrhizal symbionts, as well as free-living saprotrophs. * Taking advantage of the collective experience of six research groups, we here review the different stages involved in fungal community analysis, from field sampling via laboratory procedures to bioinformatics and data interpretation. We discuss potential pitfalls, alternatives, and solutions. * Highlighted topics are challenges involved in: obtaining representative DNA/RNA samples and replicates that encompass the targeted variation in community composition, selection of marker regions and primers, options for amplification and multiplexing, handling of sequencing errors, and taxonomic identification. * Without awareness of methodological biases, limitations of markers, and bioinformatics challenges, large-scale sequencing projects risk yielding artificial results and misleading conclusions.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?