Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Intragenomic variability … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Intragenomic variability and extended sequence patterns in the mutational signature of ultraviolet light

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Markus Lindberg
Martin Boström
Kerryn Elliott
Erik Larsson
Publicerad i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Volym 116
Nummer/häfte 41
Sidor 20411-20417
ISSN 0027-8424
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi
Sidor 20411-20417
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1073/pnas.1909021116
Ämnesord mutational signature, UV, pyrimidine dimer, DNA damage, cancer genomics, pyrimidine dimer formation, tert promoter mutations, somatic mutations, cytosine methylation, cancer, recurrent, hotspots, repair, mechanisms
Ämneskategorier Cancer och onkologi

Sammanfattning

Mutational signatures can reveal properties of underlying mutational processes and are important when assessing signals of selection in cancer. Here, we describe the sequence characteristics of mutations induced by ultraviolet (UV) light, a major mutagen in several human cancers, in terms of extended (longer than trinucleotide) patterns as well as variability of the signature across chromatin states. Promoter regions display a distinct UV signature with reduced TCG > TTG transitions, and genome-wide mapping of UVB-induced DNA photoproducts (pyrimidine dimers) showed that this may be explained by decreased damage formation at hypomethylated promoter CpG sites. Further, an extended signature model encompassing additional information from longer contextual patterns improves modeling of UV mutations, which may enhance discrimination between drivers and passenger events. Our study presents a refined picture of the UV signature and underscores that the characteristics of a single mutational process may vary across the genome.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?

Denna text är utskriven från följande webbsida:
http://www.gu.se/forskning/publikation/?languageId=100000&disableRedirect=true&returnUrl=http%3A%2F%2Fwww.gu.se%2Fenglish%2Fresearch%2Fpublication%2F%3FpublicationId%3D286188&publicationId=286188
Utskriftsdatum: 2020-02-16