Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

A Structural Comparison A… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

A Structural Comparison Approach for Identifying Small Variations in Binding Sites of Homologous Proteins

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Ivana Uzelac
Thomas Olsson
Leif A Eriksson
Johan Gottfries
Publicerad i Computational Molecular Bioscience
Volym 5
Nummer/häfte 3
Sidor 45-55
ISSN 2165-3453
Publiceringsår 2015
Publicerad vid Institutionen för kemi och molekylärbiologi
Sidor 45-55
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.4236/cmb.2015.53006
Ämnesord Protein Comparison, Coagulation Factor, Serine Protease, Binding Site, PCA, OPLS-DA
Ämneskategorier Kemi

Sammanfattning

A method for analyzing the protein site similarity was devised aiming at understanding selectivity of homologous proteins and guiding the design of new drugs. The method is based on calculating Cα distances between selected pocket residues and subsequent analysis by multivariate methods. Five closely related serine proteases, the coagulation factors II, VII, IX, X, and XI, were studied and their pocket similarity was illustrated by PCA clustering. OPLS-DA was then applied to identify the residues responsible for the variation. By combining these two multivariate methods, we could successfully cluster the different proteases according to class and identify the important residues responsible for the observed variation.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?