Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

Effects of the long-term … - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Kontaktformulär








 


OBS! Vill du ha svar, ange e-post eller telefonnummer!




Effects of the long-term storage of human fecal microbiota samples collected in RNAlater

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare J. Tap
S. Cools-Portier
S. Pavan
A. Druesne
Lena Öhman
Hans Törnblom
Magnus Simrén
M. Derrien
Publicerad i Scientific Reports
Volym 9
ISSN 2045-2322
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi
Institutionen för medicin, avdelningen för invärtesmedicin och klinisk nutrition
Språk en
Länkar dx.doi.org/10.1038/s41598-018-36953...
Ämnesord gut microbiota, community
Ämneskategorier Gastroenterologi

Sammanfattning

The adequate storage of fecal samples from clinical trials is crucial if analyses are to be performed later and in long-term studies. However, it is unknown whether the composition of the microbiota is preserved during long-term stool storage (>1 year). We therefore evaluated the influence of long-term storage on the microbiota composition of human stool samples collected in RNAlater and stored for approximately five years at -80 degrees C. We compared storage effects on stool samples from 24 subjects with the effects of technical variation due to different sequencing runs and biological variation (intra-and inter-subject), in another 101 subjects, based on alpha-diversity, beta-diversity and taxonomic composition. We also evaluated the impact of initial alpha-diversity and fecal microbiota composition on beta-diversity instability upon storage. Overall, long-term stool storage at -80 degrees C had only limited effects on the microbiota composition of human feces. The magnitude of changes in alpha-and betadiversity and taxonomic composition after long-term storage was similar to inter-sequencing variation and smaller than biological variation (both intra- and inter-subject). The likelihood of fecal samples being affected by long-term storage correlated with the initial relative abundance of some genera and tend to be affected by initial taxonomic richness.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?

Denna text är utskriven från följande webbsida:
http://www.gu.se/forskning/publikation/?feedbackForm=true&returnAddress=http%3A%2F%2Fwww.gu.se%2Fforskning%2Fpublikation%2F%3Fprint%3Dtrue%26feedbackForm%3Dtrue%26returnAddress%3Dhttp%253A%252F%252Fwww.gu.se%252Fforskning%252Fpublikation%252F%253FsiteMap%253Dtrue%2526publicationId%253D277868%26recipientName%3DWebbredaktion%26encodedEmail%3DaW5mb0BndS5zZQ%26publicationId%3D277868&recipientName=Webbredaktion&encodedEmail=aW5mb0BndS5zZQ&publicationId=277868
Utskriftsdatum: 2019-10-15