Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

DNA metabarcoding of unfractionated water samples relates phyto-, zoo- and bacterioplankton dynamics and reveals a single-taxon bacterial bloom

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Christian Wurzbacher
K. Attermeyer
M. T. Kettner
C. Flintrop
N. Warthmann
S. Hilt
H. P. Grossart
M. T. Monaghan
Publicerad i Environmental Microbiology Reports
Volym 9
Nummer/häfte 4
Sidor 383-388
ISSN 1758-2229
Publiceringsår 2017
Publicerad vid Institutionen för biologi och miljövetenskap
Sidor 383-388
Språk English
Länkar 10.1111/1758-2229.12540
Ämnesord microbial community dynamics, lake, phytoplankton, diversity, shallow, archaea
Ämneskategorier Mikrobiologi, Miljövetenskap

Sammanfattning

Most studies of aquatic plankton focus on either macroscopic or microbial communities, and on either eukaryotes or prokaryotes. This separation is primarily for methodological reasons, but can overlook potential interactions among groups. Here we tested whether DNA metabarcoding of unfractionated water samples with universal primers could be used to qualitatively and quantitatively study the temporal dynamics of the total plankton community in a shallow temperate lake. Significant changes in the relative proportions of normalized sequence reads of eukaryotic and prokaryotic plankton communities over a 3-month period in spring were found. Patterns followed the same trend as plankton estimates measured using traditional microscopic methods. The bloom of a conditionally rare bacterial taxon belonging to Arcicella was characterized, which rapidly came to dominate the whole lake ecosystem and would have remained unnoticed without metabarcoding. The data demonstrate the potential of universal DNA metabarcoding applied to unfractionated samples for providing a more holistic view of plankton communities.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?